Transrate: #

전사체 de novo assembly 에 대한 품질 평가 소프트웨어로써, 아래와 같은 주요 항목에 대한 진단을 수행함(2016년 Genome Research에 게재).

• chimeras
• structural errors
• incomplete assembly
• base errors

Overview #

• 조립된 contig 서열에 대한 검사 및 통계
• raw data 매핑 후 alignment 검사
• 관련 종에 대한 단백체 및 전사체에 대해 contig 확인

Command-line interface #

세 가지 종류의 메트릭스(아래)를 이용하여 조립된 contig 검사를 수행함

1. sequence based (if --assembly is given)
2. read mapping based (if --left and --right are given)
3. reference based (if --reference is given)

Documentation at http://hibberdlab.com/transrate

• USAGE: transrate

OPTIONS: #

• --assembly: Assembly file(s) in FASTA format, comma-separated
• --left: Left reads file(s) in FASTQ format, comma-separated
• --right: Right reads file(s) in FASTQ format, comma-separated
• --reference: Reference proteome or transcriptome file in FASTA format
• --threads: Number of threads to use (default: 8)
• --merge-assemblies: Merge best contigs from multiple assemblies into file
• --output: Directory where results are output (will be created) (default: transrate_results)
• --loglevel: Log level. One of [error, info, warn, debug] (default: info)
• --install-deps: Install any missing dependencies. One of [read, ref, all]
• --examples: Show some example commands with explanations