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tRNAScan-SE
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tRNAScan-SE #
지놈 시퀀스에서의 tRNA 유전자를 검색한다.
• Authors: Todd Lowe, Sean Eddy (University of Washington), 1997
• License : GNU General Public License
• Input: FASTA 형식의 DNA 또는 RNA 시퀀스이다.
• Output: tabular, ACeDB 또는 2차 구조 정보를 포함하는 확장된 형식이다.
• tRNAscan-SE는 스스로 tRNA를 검출하지 않으나, 타 프로그램에 의존하여 가공한다.
tRNAscan-SE - Stage 1 #
• input 시퀀스에 tRNAscan 및 Pavesi 알고리즘(EufindtRNA)을 실행한다.
• tRNAscan로 부터 얻은 intron 정보 폐기한다. (신뢰할 수 없는)
• tRNA의 목록에 병합된 결과이다.
tRNAscan-SE - Stage 2 #
• subsequences 후보군인 14개의 flaing nucleotide를 추출한다.
• covels (공분산 모델 검색)하는 시퀀스를 통과한다. (임계 값 ≥ 20 bits)
tRNAscan-SE - Stage 3 #
• covels로 확인 된 예상되는 tRNA 사용한다.
• covels 에서 예측 한 tRNA의 경계를 트리밍한다.
• tRNAs에서 휴리스틱을 사용하여 발현유전자를 구별한다.
- primary sequence score < 10 bits 또는 secondary structure < 5 bits
• 이차적 구조를 예측하는 coves (공분산 모델 글로벌 구조 alignment)를 실행한다.
• 안티코돈과 인트론을 확인한다.
