read
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- Biology
Table of Contents
Read #
Read란? #
Read(read)란 차세대 염기서열 분석법(NGS)을 통해 분석한 하나의 핵산 조각을 의미합니다. NGS를 진행하게 되면 여러 개(수 백 ~ 수 천만 개의) sequence들이 output으로 나옵니다.
Read length란? #
Read length(read length)란 차세대 염기서열 분석법(NGS)으로 한 번에 분석할 수 있는 핵산 조각의 길이 말합니다. 각각의 sequence 길이는 NGS 장비(메이커 별 장비 특성)마다 다르며 짧게는 100bp에서 길게는 15Kb까지 길어질 수 있습니다. 그리고 이러한 길이에 따라서 주요 용도(De Novo Assembly 등)가 구분 됩니다.
Read의 종류 #
Read는 장비에 따라서 크게 두 종류로 나뉩니다.
Single-End Read #
Single-End Read(single-end read)란 cDNA fragment의 한 쪽 끝단만 sequencing하여 방향성을 가지는 하나의 sequence를 말합니다.
Paired-End Read #
Paired-End Read(paired-end read)란 cDNA fragment의 forward와 reverse방향으로 양 끝단을 sequencing한 read입니다.
Read Depth #
NGS에서는 한 번에 읽어내는 양이 많다는 장점을 이용해서 같은 DNA 서열을 증폭시켜서 반복해서 읽은 것들을 한꺼번에 풀어놓고 서로 겹쳐서 읽음으로써 약간 틀리는 부분들을 서로 보완해서 정확도(Coverage)를 높여줍니다. 즉, Read Depth란 시퀀싱 과정에서 하나의 위치의 뉴클레오티드를 읽은 횟수를 말합니다. 예를 들면 “3000x”란 동일한 구간의 뉴클레오티드를 3000번 반복해서 확인하였다는 것을 의미합니다.
Reference #
Youtube : Maverix Biomics,Paired-end vs single-end sequencing reads
