irefindex
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iRefIndex #
iRefIndex는 Protein–protein interaction 메타 데이터베이스로 BIND, BioGRID, CORUM, DIP, HPRD, InnateDB, IntAct, MatrixDB, MINT, MPact, MPIDB, MPPI 등의 유전자 상호작용 데이터베이스의 자료들을 통합하여 보유하고 있다. 유럽의 생명정보학자인 Ian Donaldson에 의해 운영되고 있으며 2015년 8월 현재 14버전까지 공개되었다. 데이터는 tab으로 구분된 유전자 상호작용 공식 포맷인 psi-mitab으로 제공되며 웹상에서 바로 다운받을 수 있다. (다운로드 페이지) 기본적으로 제공되는 데이터는 누구나 이용할 수 있지만 추가로 제공되는 INTACT COMLEXES, I2D_IMEX, REACTOME, SPIKE, VIRUSHOST, UNIPROT 등의 데이터베이스로부터 가져온 데이터는 Donaldson Research의 고객으로 등록된 경우에 한하여 이용가능하다. 최신버전에서는 14종의 생물에 대한 상호작용 데이터를 제공하며, 인간의 경우 472,494개의 상호작용 정보를 담고 있다.
iRefWeb #
iRefWeb을 통해 iRefIndex를 웹에서 검색하고 검색결과를 다운로드 받을 수 있다.
iRefIndex의 데이터에 포함되어 있는 유전자 상호작용 정보 데이터베이스 목록 #
- BIND (Biomolecular Interaction Network Database)
- BioGRID (Biological General Repository for Interaction Datasets)
- CORUM (Comprehensive Resource of Mammalian protein complexes)
- DIP (Database of Interacting Proteins)
- HPRD (Human Protein Reference Database)
- innateDB
- IntAct (molecular interaction database)
- MatrixDB
- MINT (Molecular INTeraction database)
- MPIDB (MICROBIAL PROTEIN INTERACTION DATABASE)
- MPPI
- REACTOME (curated pathway database)
- SPIKE (curated human signaling pathway database)
- UNIPROT (protein sequence and functional information)
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