inSilicoDb
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Structured data
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히스토리 #
• 지금까지 공개된 많은 마이크로어레이를 전처리하고 쉽게 이용 가능하도록 가공해놓은 R 기반 툴로 벨기에 그룹에 의해 2011년에 공개되었다.
• 2011년에 처음 릴리즈될 당시1,937 GSE의 전처리된 데이터를 이용할 수 있었다.
• 2012년 8월에 6,784개의 공개 데이터를 전처리 후 릴리즈하였으며 또한 GenePattern, IGV 등의 GUI 환경을 제공하여 더욱더 강력한 기반을 제공하였다.
• 2015년 현재에는GENE-E, Morpheus, GenePattern, GenomeSpace, IGV, IPA 등의 소프트웨어 활용이 가능하며 250,000 samples이 활용가능해졌다.
필터 #
필터 | 기능 |
---|---|
데이터 소스 | 사용자의 데이터는 소유자와 그의 동료에게만 보여지며 공용 데이터를 사용하여 확장할 수도 있다. |
Curation | inSilico 필터를 사용하여 manual curation이 가능하다. |
플랫폼 | 크게 microarray와 NGS로 나누어진다. |
데이터전처리 | Affymetrix 어레이는 fRMA를 이용하여 NGS 데이터는 Tophat-Cufflinks 파이프라인을 사용한다. |
Measurement | 마이크로어레이(RNA)와 NGS(RNA-Seq, Exome-Seq)으로 나뉜다. |
논문 #
• inSilicoDb: an R/Bioconductor package for accessing human Affymetrix expert-curated datasets from GEO --- Bioinformatics. (2011) 27:3204-5
• InSilico DB genomic datasets hub: an efficient starting point for analyzing genome-wide studies in GenePattern, Integrative Genomics Viewer, and R/Bioconductor --- Genome Biol. (2012) 18;13(11):R104
이용정책 #
항목 | FREE | PRO(10유로/월) | ENTERPRISE(40유로/월) |
---|---|---|---|
250,000샘플 | 10샘플 | 100샘플 | 1,000샘플 |
GENEE, Morpheus, GenePattern, GenomeSpace, IGV, IPA 사용 | 가능 | 가능 | 가능 |
개인데이터 | 가능 | 가능 | 가능 |
데이터공간 | 50MB | 20GB | 500GB |
Public데이터 | 가능 | 가능 | 가능 |
데이터공유 | 가능 | 가능 | 가능 |
Access #
- www.inSilico.com으로 접속한다.
-
R 패키지 설치 후 library로 불러들여서 분석한다.
>library(inSilicoDb) >inSilicoLogin("ID", "MD로 암호화된 패스워드") >data.id <- "GSE3837" >platform.id <- getPlatforms(data.id)\[\[1]] >eset <- getDatasets(data.id, platform.id, format="CURESET", features="GENE")