inSilicoDb #

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최초 작성자
홍성의 2015-05-15 04:33:04
최근 업데이트
tykim 2016-06-28 23:42:08

Structured data

Category: Database

히스토리
필터
논문
이용정책
Access

히스토리 #

• 지금까지 공개된 많은 마이크로어레이를 전처리하고 쉽게 이용 가능하도록 가공해놓은 R 기반 툴로 벨기에 그룹에 의해 2011년에 공개되었다.

• 2011년에 처음 릴리즈될 당시1,937 GSE의 전처리된 데이터를 이용할 수 있었다.

• 2012년 8월에 6,784개의 공개 데이터를 전처리 후 릴리즈하였으며 또한 GenePattern, IGV 등의 GUI 환경을 제공하여 더욱더 강력한 기반을 제공하였다.

• 2015년 현재에는GENE-E, Morpheus, GenePattern, GenomeSpace, IGV, IPA 등의 소프트웨어 활용이 가능하며 250,000 samples이 활용가능해졌다.

필터 #

필터	기능
데이터 소스	사용자의 데이터는 소유자와 그의 동료에게만 보여지며 공용 데이터를 사용하여 확장할 수도 있다.
Curation	inSilico 필터를 사용하여 manual curation이 가능하다.
플랫폼	크게 microarray와 NGS로 나누어진다.
데이터전처리	Affymetrix 어레이는 fRMA를 이용하여 NGS 데이터는 Tophat-Cufflinks 파이프라인을 사용한다.
Measurement	마이크로어레이(RNA)와 NGS(RNA-Seq, Exome-Seq)으로 나뉜다.

논문 #

• inSilicoDb: an R/Bioconductor package for accessing human Affymetrix expert-curated datasets from GEO --- Bioinformatics. (2011) 27:3204-5

• InSilico DB genomic datasets hub: an efficient starting point for analyzing genome-wide studies in GenePattern, Integrative Genomics Viewer, and R/Bioconductor --- Genome Biol. (2012) 18;13(11):R104

이용정책 #

항목	FREE	PRO(10유로/월)	ENTERPRISE(40유로/월)
250,000샘플	10샘플	100샘플	1,000샘플
GENEE, Morpheus, GenePattern, GenomeSpace, IGV, IPA 사용	가능	가능	가능
개인데이터	가능	가능	가능
데이터공간	50MB	20GB	500GB
Public데이터	가능	가능	가능
데이터공유	가능	가능	가능

Access #

www.inSilico.com으로 접속한다.

R 패키지 설치 후 library로 불러들여서 분석한다.

>library(inSilicoDb)
>inSilicoLogin("ID", "MD로 암호화된 패스워드")
>data.id <- "GSE3837"
>platform.id <- getPlatforms(data.id)\[\[1]]
>eset <- getDatasets(data.id, platform.id, format="CURESET", features="GENE")