Stacks 분석 결과 genotypes 정보를 출력한다. 해당 Haplotype 정보를 가지고 있는 최소 자손의 수를 지정하여 필터링(-r)이 가능하고 SNP 콜링시 최소 depth (-m), SNP 좌위별 다른 개체의 Allele 정보와 비교하여 automated correction (-c)을 수행할 수 있다.

denovo_map.pl 프로그램이나 ref_map.pl 프로그램 실행시 genotypes 프로그램은 최종적으로 실행되게 되고 이때 하나의 자손에서라도 해당 haplotype이 발견되면 모두 export되는 것으로 셋팅되어 있다 (-r = 1).

Parameters #

Map typs (-t) #

1. CP : Outbreeder Full-sib family로써 이계교배를 통해 형성된 양친을 공유하는 동포 집단
2. DH : Doubled haploidy로 복반수체 집단이라고도 하며 식물 육종에서 주로 사용되는 것으로 Haploid cell을 더블링하여 2N을 생성 (Homozygosity 형성)
3. F2 : F는 Filial(자식의)의 첫 스펠링으로 부모 세대가 낳은 첫 번째 자손 세대를 의미
4. BC1 : Backcross population으로 부모 세대와 첫 번째 자손 (F1)의 교배 (여교잡)
5. GEN

output file type (-o) #

genotypes 프로그램을 통해 선별된 마커 정보는 JoinMap, OneMap, R/QTL 프로그램을 이용하여 Linkage map 분석에 이용될 수 있도록 해당 프로그램의 input file 형태로 output을 출력할 수 있다. 1. joinmap 1. onemap 1. rqtl 1. genomic

Output #

Genotype #

Genotypes 프로그램 실행시 얻을 수 있는 개체별 genotype의 형태는 다음과 같다.

1. • : 시퀀싱되었으나 퀄리티 문제 등으로 필터링된 경우

2. -- : 시퀀싱되지 않음

3. 대문자 (A, AB 등) : genotypes 프로그램 실행시 -c 옵션을 추가할 떄에만 얻어질 수 있는 genotype의 형태로 correction이 된 경우에 해당됨.

4. 소문자 (a, ab 등) : correction되지는 않으나 depth가 유의적인 경우에 해당됨

부모세대가 aa/ab인데 자손에서 bb가 관찰되는 경우도 있는데 이는 기술적 한계로 인해서 부모의 aa가 실제로는 ab일수도 있고 자손에서 a가 관찰되지 않았을 뿐일 수도 있기 때문에 분석 결과로 출력은 되나 이러한 마커의 경우 제거하고 다음 단계 분석을 수행하는 것이 좋다. 만약 여러 자손에게서 bb가 발견된다면 전자 (부모의 aa가 실제로는 ab인 경우)에 해당되므로 부모의 aa를 ab로 변경 후 분석을 진행할 수는 있다.

이후 분석으로 Genetic linkage map을 구성할 수 있는데 이때 사용할 수 있는 프로그램, 특히 OneMap의 경우 대문자 형태의 genotype과 segregation pattern에 어긋나는 genotype을 허용하지 못하므로 수정 후 분석이 진행되어야 햔다.

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