Core genome MLST (cgMLST) scheme은 고정적인 게놈 전체 유전자 세트로 구성되며 cgMLST scheme은 대개 종 특이적이다. 때때로 매우 밀접하게 관련된 종들, 예를 들면 Mycobacterium tuberculosis complex 또는 Brucella 종과 같이 scheme이 genus 특이적으로 구성되기도 하고, 또는 아종에 특이적인 scheme으로 국한된 때도 있다. 모든 대중적이고 안정적인 cgMLST 계획은 종 전문가에 의해 계획된다.

cgMLST scheme은 stable 형태와 ad hoc 형태의 두 가지 유형의 가능하다. Stable scheme은 공개적으로 확장 가능한 명명법을 제공하지만, ad hoc scheme의 경우는 자체적인 명명법을 제공한다. Stable cgMLST scheme은 정의, 평가 및 교정하는 것은 매우 어렵지만 이미 승인된 모든 stable scheme은 Task Template Sphere에서 공개적으로 사용 가능하며 다운로드 할 수 있으므로 즉시 사용할 수 있다. 반대로 Stable cgMLST scheme에서 원하는 유전자 정보가 없다면 사용자는 신속하게 자체 Ad Hoc scheme을 제작해야 한다.

Stable, ad hoc cgMLST scheme은 집단 발병 분석에 사용될 때 동등한 유전자형 결과를 제공한다. 물론 ad hoc scheme을 사용하는 경우 실험실 간 대립 유전자 명칭을 공유하는 것은 정의상 불가능하다. 더욱이, stable cgMLST scheme에는 클러스터를 검출하기 위한 미리 결정된 대립 유전자거리 값이 있다.

cgMLST scheme은 일반적으로 SNP와 유사한 접근법으로 수행되는 방법과는 차별적이지만 차후 분석을 수행하는 것은 비슷하다. 그러나 cgMLST 분석법의 게놈 유전자가 비교 분석을 위해 취해지면 차별력은 SNP와 유사한접근법보다 활용성이 높다.

이 분석법은 다양한 종자 균주 수집에 관심이 있는 모든 전문가가 관심이 있을뿐더러 역학적으로 잘 정의된 발병 유전자 정보는 잠재적으로 안정적인 cgMLST scheme을 개발할 수 있다. 일반적인 절차는 stable cgMLST scheme tutorial에 설명되어 있다.

ad hoc cgMLST scheme을 정의하기 위해 단일 또는 다중 발생을 분석하는데 사용되는지에 따라 두 가지 다른 접근법이 가능하다.

단일 발생 분석 방법은 SNP가 calling 되는 절차와 매우 유사하다. 여기에서, 연구자는 먼저 유전학적으로 가장 가깝고 이용 가능한, 완성된(완전 또는 염색체) 게놈을 결정해야 한다. in silico MLST 또는 kmer 검색을 수행한 다음 ad hoc cgMLST scheme을 수립하기 위한 쿼리 게놈 없이 시드 게놈으로 해당 유전체 정보를 사용하면 된다. 이 접근법은 다른 유전적 배경이나 지속적인 모니터링을 통한 다중 발생의 분석을 위해 확장하기에는 적합하지 않다.

다중 발생 분석 접근법은 본질적으로 stable cgMLST scheme과 같이 잘 특성화된 균주를 바탕으로 사용된다.