개요 #
cBioPortal은 로컬 컴퓨터에 설치하여 사용자의 데이터를 등록하고 시각화하여 분석에 활용할 수 있다. cBioPortal을 설치하는 방법은 여러 가지가 있으며, Docker를 이용한 설치방법을 권장한다. 아래는, Docker를 이용하여 cBioPortal 을 설치하는 방법을 서술한다.
설치 방법 #
- 운영체제는 Ubuntu 16.04, docker 버전은 17.05 를 기준으로 한다.
- cBioPortal 설치 시 최소 2GB 이상의 RAM과 10GB 이상의 디스크 공간이 필요하다. 상세내용은 이곳을 참조한다.
- Docker 설치방법은 별도로 기술하지 않는다. Docker 설치방법은 Docker의 설치방법 항목을 참조한다.
- Seed DB 및 DB 스키마 다운로드
-
cBioPortal 사용을 위해서는 cBioPortal 에서 제공되는 SeedDB 및 스키마가 필요하다. 다운로드 링크는 아래와 같다.
-
설치
- Docker Network 설정 $ docker network create cbio-net - MySQL server 설정 $ docker run -d -it --restart=always \ --net=cbio-net \ --name=cBioDB \ -e MYSQL_ROOT_PASSWORD='P@ssword1' \ -e MYSQL_USER='cbio' \ -e MYSQL_PASSWORD='P@ssword1' \ -e MYSQL_DATABASE='cbioportal' \ -v `pwd`/db_files:/var/lib/mysql \ mysql:5.7 # `pwd`/db_files는 존재하지 않거나 빈 디렉토리여야 함 - Seed DB 등록 $ docker run \ --rm -it \ --name=load-seed \ --net=cbio-net \ -e MYSQL_USER=cbio \ -e MYSQL_PASSWORD='P@ssword1' \ -v `pwd`/cgds.sql:/mnt/cgds.sql:ro \ -v `pwd`/seed-cbioportal_hg19_v2.7.3.sql.gz:/mnt/seed.sql.gz:ro \ mysql:5.7 \ sh -c 'cat /mnt/cgds.sql | mysql -hcBioDB -u"$MYSQL_USER" - p"$MYSQL_PASSWORD" cbioportal \ && zcat /mnt/seed.sql.gz | mysql -hcBioDB -u"$MYSQL_USER" - p"$MYSQL_PASSWORD" cbioportal' - DB Schema migration $ docker run --rm -it --net cbio-net \ -v $PWD/portal.properties:/cbioportal/portal.properties:ro \ -v $PWD/migration.sql:/cbioportal/db-scripts/src/main/resources/migration.sql:ro \ cbioportal/cbioportal:latest \ migrate_db.py -p /cbioportal/portal.properties -s /cbioportal/db-scripts/src/main/resources/migration.sql - MongoDB setting $ docker run -d --name=mongoDB --net=cbio-net \ -e MONGO_INITDB_DATABASE=session_service \ mongo:3.6.6 $ docker run -d --name=cbio-session-service --net=cbio-net \ -e SERVER_PORT=5000 \ -e JAVA_OPTS="-Dspring.data.mongodb.uri=mongodb://mongoDB:27017/session-service" \ cbioportal/session-service:latest - cBioPortal Server setting $ docker run -d --restart=always \ --name=cbioportal-container \ --net=cbio-net \ -v `pwd`/portal.properties:/cbioportal/portal.properties:ro \ -e JAVA_OPTS='-Xms2g -Xmx4g -Dauthenticate=noauthsessionservice -Dsession.service.url=http://cbio-session-service:5000/api/sessions/my_portal/' \ -p 8081:8080 \ cbioportal/cbioportal:latest \ /bin/sh -c 'java ${JAVA_OPTS} -jar webapp-runner.jar /cbioportal-webapp '
cbioPortal 실행 #
사용자 데이터 등록 후 웹 브라우저 URL에 http://localhost:8081/ 을 입력 하면 사용자 로컬에 설치된 cBioPortal 서비스에 접근할 수 있다.