개요 #

cBioPortal은 로컬 컴퓨터에 설치하여 사용자의 데이터를 등록하고 시각화하여 분석에 활용할 수 있다. cBioPortal을 설치하는 방법은 여러 가지가 있으며, Docker를 이용한 설치방법을 권장한다. 아래는, Docker를 이용하여 cBioPortal 을 설치하는 방법을 서술한다.

설치 방법 #

• 운영체제는 Ubuntu 16.04, docker 버전은 17.05 를 기준으로 한다.
• cBioPortal 설치 시 최소 2GB 이상의 RAM과 10GB 이상의 디스크 공간이 필요하다. 상세내용은 이곳을 참조한다.
• Docker 설치방법은 별도로 기술하지 않는다. Docker 설치방법은 Docker의 설치방법 항목을 참조한다.
• Seed DB 및 DB 스키마 다운로드

• cBioPortal 사용을 위해서는 cBioPortal 에서 제공되는 SeedDB 및 스키마가 필요하다. 다운로드 링크는 아래와 같다.

  • Schema
  • Seed DB (hg19)
  • migrate sql

• 설치
  

  - Docker Network 설정 
    $ docker network create cbio-net 
  - MySQL server 설정
    $ docker run -d -it --restart=always \
      --net=cbio-net \
      --name=cBioDB \
      -e MYSQL_ROOT_PASSWORD='P@ssword1' \
      -e MYSQL_USER='cbio' \
      -e MYSQL_PASSWORD='P@ssword1' \
      -e MYSQL_DATABASE='cbioportal'  \
      -v `pwd`/db_files:/var/lib/mysql \
      mysql:5.7 
   # `pwd`/db_files는 존재하지 않거나 빈 디렉토리여야 함 
  - Seed DB 등록 
    $  docker run \
    --rm -it \
    --name=load-seed \
    --net=cbio-net \
    -e MYSQL_USER=cbio \
    -e MYSQL_PASSWORD='P@ssword1' \
    -v `pwd`/cgds.sql:/mnt/cgds.sql:ro \
    -v `pwd`/seed-cbioportal_hg19_v2.7.3.sql.gz:/mnt/seed.sql.gz:ro \
    mysql:5.7 \
    sh -c 'cat /mnt/cgds.sql | mysql -hcBioDB -u"$MYSQL_USER" -        p"$MYSQL_PASSWORD" cbioportal \
    && zcat /mnt/seed.sql.gz | mysql -hcBioDB -u"$MYSQL_USER" -        p"$MYSQL_PASSWORD" cbioportal'
  - DB Schema migration 
   $ docker run --rm -it --net cbio-net \
     -v $PWD/portal.properties:/cbioportal/portal.properties:ro \
     -v $PWD/migration.sql:/cbioportal/db-scripts/src/main/resources/migration.sql:ro \
     cbioportal/cbioportal:latest \
     migrate_db.py -p /cbioportal/portal.properties -s /cbioportal/db-scripts/src/main/resources/migration.sql
  - MongoDB setting 
   $ docker run -d --name=mongoDB --net=cbio-net \
     -e MONGO_INITDB_DATABASE=session_service \
  mongo:3.6.6
   $ docker run -d --name=cbio-session-service --net=cbio-net \
     -e SERVER_PORT=5000 \
     -e JAVA_OPTS="-Dspring.data.mongodb.uri=mongodb://mongoDB:27017/session-service" \
     cbioportal/session-service:latest
  - cBioPortal Server setting 
   $  docker run -d --restart=always \
    --name=cbioportal-container \
    --net=cbio-net \
    -v `pwd`/portal.properties:/cbioportal/portal.properties:ro \
    -e JAVA_OPTS='-Xms2g -Xmx4g -Dauthenticate=noauthsessionservice -Dsession.service.url=http://cbio-session-service:5000/api/sessions/my_portal/' \
    -p 8081:8080 \
    cbioportal/cbioportal:latest \
    /bin/sh -c 'java ${JAVA_OPTS} -jar webapp-runner.jar /cbioportal-webapp '
  

  
  

  cbioPortal 실행 #

  사용자 데이터 등록 후 웹 브라우저 URL에 http://localhost:8081/ 을 입력 하면 사용자 로컬에 설치된 cBioPortal 서비스에 접근할 수 있다.

참조문헌 #

• cBioPortal
• thehyve blog