augustus Install #

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현재 augustus 프로그램의 최신 버전은 3.3 버전이고, 홈페이지를 통해 소스코드를 다운로드하거나 다음과 같이 wget 커맨드로 받을 수 있다.

$ wget http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus.current.tar.gz
$ tar zxvf augustus.current.tar.gz
$ cd augustus

README.TXT 파일을 확인하면 설치, 실행 방법등에 대해서 잘 나와있으니 참고하면 좋다. 설치를 위해서는 먼저 소스코드를 컴파일 해주어야 한다.

Comparative (multi-species, CGP) AUGUSTUS 실행이 가능하도록 다음과 같이 makefile을 변경 후 실행할 수 있다 (해당 라인의 주석 제거).

$ vim Makefile

COMPGENEPRED = true and SQLITE = true or MYSQL = true

$ make

설치 후 gene prediction을 위한 config 파일이 위치한 디렉토리와 실행 파일이 위치한 디렉토리의 path를 설정해 준다.

$ export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=[augustus install directory]/config
$ export PATH=[augustus install directory]/bin

여기까지만 설치해도 유전자 구조 분석에는 충분히 이용할 수 있지만, RNAseq 데이터를 이용하여 intron evidence 분석 등에 이용하고자 한다면 추가로 몇 가지 악세사리 툴을 설치해 주어야 한다.

$ git clone https://github.com/pezmaster31/bamtools.git
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake .. # version >= 2.6.4
$ make

Bamtools 설치가 선행되어야 한다.

$ export BAMTOOLS=[bamtools install directory]/bamtools
$ cd [augustus install directory]/auxprogs/filterBam
$ make

$ cd [augustus install directory]/auxprogs/bam2hints
$ make

bam2hint make시 에러가 발생한다면 참고 페이지에 따라서 bamtools와 bam2hints의 makefile을 수정 후 다시 시도한다.