ViromeScan
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ViromeScan #
New tool for metagenomic viral community profiling #
- 차세대 시퀀싱의 raw 데이터에서 직접 virome의 분류를 특징짓는 혁신적인 메타 게놈 분석 도구
- ViromeScan은 기존의 다른 접근법보다 바이러스 종에 대한 판독을 하고 1000배 이상 빠르게 명확하게 지정하기 위해 진핵 바이러스에 대한 계층적 데이터베이스를 사용함.
- 미생물 군집에 대한 ViromeScan의 유효성을 확인한 후 Human Microbiome Project의 메타 게놈 샘플에 적용하여 다른 인체 부위의 서열도 체크가능함.
- 또한 종의 수준까지 virome의 분류학적 프로파일링을 위한 도구로 모든 환경에 적용할 수 있음.
Workflow #
- A. 입력은 single read(fastq 형식) 또는 paired-end read(fastq 또는 압축 fastq 형식)이 가능함.
- B. 후보 바이러스 판독은 선택된 참고 데이터베이스에 매핑 진행. 맵핑되지 않은 read들은 결과 파일에 포함되지 않음.
- C. 낮은 품질의 데이터를 줄이고 인간과 세균 오염을 완전히 제거하기 위한 세 가지 필터링 절차가 진행됨.
- D. 나머지 바이러스 서열은 적절한 taxonomy 할당되고, 결과는 상대적 존재량 및 판독 횟수로 표로 작성됨.
Comparison between the relative abundances #
Availability and requirements #
- Project home page : http://sourceforge.net/projects/viromescan/
- Operating systems : Linux, OS X
- Programming language : Bash, R, Perl, Java
- Other requirement : Bowtie2, Bmtagger tools from NCBI, Picard tools
- License : FreeBSD
