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UPGMA #
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Algorithm

UPGMA #

계통수를 만들기 위한 알고리즘 중 가장 이해하기 쉬운 방법중 하나는 pairwise distnace method 인데 그중 UPGMA(Unweighted Pair Group Method using Arithmetic average)는 가장 직관적으로 거리 계산을 수행한다.

거리 계산 방법 #

우선 각 서열은 자신의 클러스터에 할당되고 그 서열에 대한 트리의 가지(혹은 잎)는 높이 0값으로 부터 시작된다. 다음 거리값을 기준으로 가까운 두 클러스터는 하나의 클러스터로 병합된다. 두 가지가 만나는 곳을 노드(node)라고 한다. 각 트리의 일정 높이에 위치한 노드는 연결된 두 잎 사이의 거리를 의미하게 된다. 이러한 과정이 계속 반복되면서 마지막에 두 개의 클러스터만 남게 된다. 이 두 개의 클러스터가 연결되면 트리의 뿌리가 확정된다. 한 트리의 가지 길이는 이 과정에서 이론적 진화 시간을 고려하여 결정한다.

참조문헌 #

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