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UCSC #
UCSC는 University of California, Santa Cruz 의 약자 이다. UCSC에서 유전체 시퀀싱 데이터를 위한 Browser를 개설했다. UCSC Genome Browser이다.
UCSC Genome Browser #
UCSC Genome Browser는 UCSC에서 주관하는 온라인 genome browser 이다. 데이터베이스가 척추동물과 무척추동물종들, 주요 모델 생물들로부터의 genome 시퀀싱 데이터를 제공한다. 또한 aligned annotation으로 크게 통합시킨다. 이 browser는 그래픽 출력에서 최적화되어있고, 오픈 소스 되어있다. 문헌에서 축적되는 방대한 양의 생물학적 시스템은 필수적으로 수집되고, 그 정보는 소화되어야 한다. 이 때 bioninformatics란 tools를 사용했다. UCSC Genome Browser에서는 다양한 annotation datasets의 컬렉션을 제공한다. 여기에는 mRNA alignment, mapping된 DNA repeat elements, gene predictions, 유전자발현data,질병관련data,mapping된 상업적으로 사용가능한 gene chips 등이 포함된다.
Analysis tools #
LiftOver tool 은 whole genome alignment에 사용되는데, 이때 하나의 어셈블리로부터 다른 종 또는 관련된 종들 중 하나로 전환될 수 있다. Genome Graphs tool은 모든 염색체를 한번에 볼 수 있고, Genome-Wide Association Studies(GWAS)의 결과를 볼 수 있다.
