Trimmomatic
Adapter
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기본 제공 서열 #
Trimmomatic 에서 제공하는 adapter sequence 는 TruSeq2 (GAII machines)과 TruSeq3 (HiSeq, MiSeq)이다. 이 adapter sequence는 single-end와 paired-end mode 에서 모두 작동하도록 제작되어 배포되었다. 하지만, library preparation 단계의 전략에 따라 adapter sequence는 달라질 수 있으므로, 주어진 두 adapter sequence가 모든 상황에 대한 해결책이라고 기대할 수 없다. 따라서, Trimmomatic은 custom adapter sequence를 허용한다.
Custom adapter sequence의 제작 #
Custom adapter sequence를 제작하기 위해서는 Trimmomatic의 작동 전략을 이해하는 것이 유리하다. Trimmomatic은 Palindrome 과 simple 전략을 adapter trimming 에 적용하고있다. Simple trimming 은 주어진 adpater fasta 에 있는 각각의 adapter sequence 들이 NGS reads 과의 비교를 통해 유의한 수준 이상의 정확도를 보이는 경우, 해당 NGS reads 는 clipping 된다. 반면, Palindrome trimming 은 단순한 비교가 아닌 paired-end mode 에서 양쪽 서열 모두 contaminant 가 있는지 확인을 한다. Paired-end sequencing 의 경우 대부분의 경우에 3' end of reads에 adapter 서열이 존재하므로, 양쪽 서열에 이를 확인해 adapter trimming 을 수행한다. 이는 Simple trimming 보다 정확한 trimming result를 기대할 수 있다.
네이밍은 반드시 'Prefix' 이후에 /1 과 /2 로 제작되어야 한다.
