Trimmomatic #
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Category: Software

About trimmomatic
Process of trimming
Input of trimmomatic
Output of trimmomatic
trimming log
Reference
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About trimmomatic #

Trimmomatic은 Illumina의 시퀀싱 장비에서 생성된 NGS(Next-generation sequencing) 데이터의 다양한 trimming 작업을 효과적으로 수행한다. 다양한 trimming steps은 command line에서 주어진 parameters를 기반으로 수행된다.

Process of trimming #

현재(v0.32) 제공되는 trimming steps은 아래와 같다.

1.ILLUMINACLIP (ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10) : read에 존재하는 adapter sequence와 기타 illumina-specific sequence를 제거한다.

ILLUMINACLIP:<fastaWithAdaptersEtc>:<seed mismatches>:<palindrome clip threshold>:<simple clip threshold>

FastaWithAdaptersEtc : TruSeq3-SE.fa는 install path내의 adapters directory에 존재하는 해당 adater fasta파일을 calling해 사용한다. ex) install_path/latest/adapters/TruSeq3-SE.fa
Seed mismatches : 최초 16 bases를 seed로 놓고 이를 full match가 허용하는만큼 확장한다. full match에 허용할 mismatch의 최소값(2)
PalindromeClipThreshold : paried-ended data의 경우 score 값(30) /약 50 bases
SimpleClipThreshold : single-ended data의 경우 score 값(10) /약 17 bases

2.SLIDINGWINDOW (SLIDINGWINDOW:4:15) : 주어진 window(similar to mer) 상수값(4)만큼 sequence를 sliding하며 window falls (4)내의 average quality가 주어진 값(15)보다 낮을 경우 제거한다.

SLIDINGWINDOW:<windowSize>:<requiredQuality>

3.LEADING (LEADING:3): a read의 앞쪽이 주어진 threshold quality보다 낮은 경우 제거한다.

LEADING:<quality>

4.TRAILING (TRAILING:3): a read의 뒤쪽이 주어진 threshold quality보다 낮은 경우 제거한다.

TRAILING:<quality>

5.CROP : 명시된 길이만큼 read의 뒤쪽부분을 제거한다.

CROP:<length>

6.HEADCROP : 명시된 길이만큼 read의 앞쪽부분을 제거한다.

HEADCROP:<length>

7.MINLEN : 명시된 길이보다 짧을 경우 버린다.

MINLEN:<length>

8.TOPHRED33 : quality scores를 Phread-33으로 변경한다.

TOPHRED33 (no further parameters)

9.TOPHRED64 : quality scores를 Phread-64로 변경한다.

TOPHRED64 (no further parameters)

Input of trimmomatic #

Trimmomatic은 [[FASTQ}}파일을 input으로 명시하고 있으며, quality는 -phred33 혹은 -phread64(default)로 command line에 명시해야한다. 이 부분은 곧 autodetected로 업데이트 될 예정이다. .gz확장자로 끝나는 경우 gzip form으로 인식하여 압축파일 자체로도 input 할 수 있다 (also .bz2).

Output of trimmomatic #

Single-ended data의 경우 1 input and 1 output이며, paired-ended data의 경우 2 input and 4 output이다. 4개의 output 중 2개는 모든 조건에 만족하는 clean paired-ended data 이고 나머지 2개의 output은 조건에 맞는 clean data 이지만 partener reads는 그렇지 못한 경우 clean single-ended data로 output 된다.

trimming log #

comman line에 명시한 -trimlog 을 통해 trimming log를 확인할 수 있다. 5(6)개의 colume으로 구성되며 각 항목은 아래와 같다.

The raed name
The surviving sequence length
The location of the first surviving base, aka. the amount trimmed from the start
The location of the last surviving base in the original read
The amount trimmed from the end
?

Reference #

http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic

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Related Bioinformaticses (Bioinformatics 1) #

Trimmomatic/Adapter