About Tandem repeat finder #

Tandem Repeat Finder는 유전체상에 존재하는 simple repeat을 찾아주는 프로그램이다.

Program Outline #

TRF (Tandem Repeat Finder)는 detection component와 analysis component로 구성된다. detection component에서는 통계에 기반을 둔 기준들을 사용하여 tandem repeat 후보들을 찾는다. 확보된 후보들은 analysis component로 넘어가 각각의 후보들에 대해서 alignment를 수행하며, alignmet에 대한 identity와 indel 그리고 nucleotide sequence에 대한 composition과 entropy measure 점수가 통계치보다 높은 경우 결과를 출력한다.

USAGE #

가장 기본적인 사용법은 리눅스 커맨드를 이용하는 방법으로 아래의 예시 커맨드를 인용해 사용할 수 있다.

$trf reference.fa 2 7 5 80 10 14 6 -h

각각의 argument들은 TRF가 tandem repeat을 찾을 때 criteria로써 사용된다.

trf File Match Mismatch Delta PM PI Minscore MaxPeriod [options]

• match : 2 matching weight
• mismatch : 7 mismatching penalty
• delta : 5 indel penalty
• PM : 80 match probability (whole number)
• PI : 10 indel probability (whole number)
• Minscore : 14 minimum alignment score to report
• MaxPeriod : 6 maximum period size to report
• [options] : -h suppress HTML output

Reference #

G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acids Research (1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Incoming Links #

Related Bioinformaticses (Bioinformatics 0) #

• RepeatScout