TRANSFAC
Match
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Transcription의 2가지 요소 #
transcription의 일반적인 구성은 cis-acting elements와 trans-action factors로 이루어진다.
cis-acting elements #
cis-acting elements는 짧은 DNA 서열로 유전자의 전사를 조절하는 비코딩 영역의 짧은 DNA 서열로 구조적인 특징으로는 해당 유전자 또는 유전자의 주변에 발견된다.
| Feature | ||
| contain short consensus sequences | ||
| modules are related but not identical | ||
| not fixed in location but usually within 200 bp upstream of the TranscripTion Start site | ||
| a single element is usually sufficient to confer a regulatory response | ||
| can be located in a promoter or an enhancer | ||
| assumed that a specific protein binds to the element and the presence of that protein is developmentally regulated |
Trans-acting factors #
Trans-acting factor는 보통 factor(인자)로 유전자 발현을 조절하기 위하여 cis-actiong sequences에 결합하는 단백질을 말한다.
| Property | ||
| subunits of RNA polymerase | ||
| bind to RNA Polymerase to stabilize the initiation complex | ||
| bind to all promoters at specific sequences but not to RNA Polymerase (TFIID factor which binds to the TATA box) | ||
| bind to a few promoters and are required for transcription initiation; these are positive regulators of gene expression |
TRANSFAC의 정의 #
TRANSFAC은 진핵생물을 대상으로 cis-acting 조절 DNA와 trans-actiong factors로 구성되며, 효모부터 인간까지 전체 종을 대상으로 제공한다. TRANSFAC의 시작은 1988년(Nucleic Acids Res. 16: 1879-1902, 1988), 이며, 컴퓨터로 읽는 형식은 1990년[BioTechForum - Advances in Molecular Genetics (J. Collins, A.J. Driesel, eds.) 4:95-108, 1991]에 변환되었다. 주요 기능은 Match와 Patch라는 기능인데, 이 둘의 가장 큰차이는 유저 고유의 Matrix를 만들어서 pattern을 찾는지의 여부이다. Patch는 TRANSFAC 페이지를 참조하면 된다.
그림1. TRNASFAC의 공용 및 상용버전
Match 활용한 Matrix 생성방법 #
Match의 가장 큰 특징은 유저 고유의 TF정보를 입력하여, 좀 더 많은 정보를 생성 할 수 있다. (예를 들면, TFANSFAC에 등록되지 않은 종을 대상으로 사용시 근연종의 TF 정보를 사용하여 TFBS 및 pattern을 예측할 수 있다.)
그림2. TRNASFAC Match 메인화면
Match는 Patch와는 구성상 큰차이가 없고, Position Weight Matrix를 사용하여, 유저 고유의 TF 정보를 입력 하거나 선택하기 때문에 원하는 정보만을 선택하거나, 좀 더 많은 정보(TF - TFBS)를 예측 할 수 있다.
Position Weight Matrix 생성 #
Go to matrix generation 옵션을 이용하여, TF 정보를 추가 후 고유의 Position Weight Matrix를 생성한다. 다양한 입력형식을 제공한다.(Fasta / Clustalw / Gibbs 등)
그림3. Matrix 생성화면
Profile 생성 #
입력한 TF 정보 및 기존의 TF 정보 중 원하는 matrix 정보만을 선택하여 Profile(여러 matrix의 군집)을 생성한다. 생성된 profile 정보는 customize한 정보로 활용이 가능하다. (예를 들면 특이적인 박테리아 관련 matrix만을 선별하여 profile을 만들면, Patch 및 Match로 검색시 profile을 선택 후 미지의 박테리아의 TF-TFBS 정보를 예측 할 수 있다.)
그림4. Profile 생성화면
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