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TASSEL #
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TASSEL (Trait Analysis by aSSociation, Evolution and Linkage)은 코넬대학교 Buckler lab에서 개발한 RAD-seqGBS 등 target genome의 restriction enzyme digestion 정보를 이용한 genotyping 분석을 위한 자바 기반의 분석툴이다.

현재 (2015년 5월) 가장 최신 버전은 Version 5.0 (JAVA 1.8)이고, 2011년 release한 Version 3.0 (JAVA 1.7) 역시 이용할 수 있다.

GBS 분석을 위한 파이프라인을 별도로 제공하고 있다.

사용법 #

Discovery pipeline과 production pipeline으로 나뉘며 large scale의 species-wide discovery pipeline을 이용하여 데이터베이스를 구축할 수 있어 이후 새롭게 시퀀싱한 샘플에 대해서는 production pipeline을 이용하여 빠르게 known SNP을 분석할 수 있다.

Reference genome 서열이 있는 경우 #

Reference genome 서열이 없는 경우 #

UNEAK 파이프라인을 이용하여 putative SNP calling 이후 분석을 진행할 수 있다 (Tassel version 3.0에서 가능).

이슈 #

  1. 현재 (2015. 05) TASSEL에서는 ApeKI, MspI, PstI을 비롯하여 13개의 Restriction Enzyme과 AsiSI-MspI 등 10개의 enzyme pair를 지원하고 있다. 모든 리스트는 위의 파이프라인 도큐먼트에서 확인할 수 있으며 분석을 원하는 별도의 Restriction Enzyme에 대해서는 Java 소스코드를 수정하거나 개발자에게 추가를 요청할 수 있다.

  2. 아직까진 Paired-end reads를 분석할 수 없다. TASSEL Version 5.0에서 분석이 가능하도록 개발 중이라고 한다.

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