String #
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Structured data

Category: Analysis

String

String #

String 이란? #

예측되거나 잘 알려진 Protein-Protein 상호작용에 대한 정보를 담고 있는 database이다. 상호작용에는 물리적으로 직접적인 상호작용과 기능적, 또는 간접적인 상호작용이 있다.

Input format #

Protein by name
Protein by sequence
Multiple proteins
Multiple sequences
Organisms
Protein families ("COGs")
Examples
Random entry

분석 과정 #

1) Protein name 과 species 선택
2) 네트워크를 그림
3) 선택한 Protein 과 관련된 네트워크가 그려짐

[그림1] ATF3를 검색했을 때, 그려지는 네트워크

4) ATF3의 Functional Partners를 scroe 값에 따라 sorting하여 볼 수 있다.
5) 네트워크를 그릴 때, interaction sources와 confidence level, molecules size, netwoks deapth, 다른 molecules 추가할 수 있는 setting 메뉴를 지원

[그림2] Data setting

6) edges를 interaction evidence에 따라 나타낼 것인지, confidene, 또는 molecular action에 따라 나타낼 것인지 선택할 수 있다. 그 밖에 그림의 포맷 등을 설정할 수 있다.

[그림] View Setting

7) Tabel을 export하거나, information 열람

[그림3] Tables/Exports

8) Evidence 열람 - Experiments : references 논문 열람
- Databases
- Text mining
- Coexpression
- Concurrence : molecules 간의 correlation 정도를 볼 수 있음

9) Analysis - Functional enrichments 분석 (export 가능)

Biological Process (GO), Molecular Function (GO, Cellular Component (GO)
KEGG Pathways
PFAM Protein Domains
INTERPRO Protein Domains and Features

Legend #

1) node size : small node는 3D 구조가 밝혀지지 않은 protein이며, large nodes는 알려져 있거나 3D 구조가 예상이 가능한 protein이다.
2) Edges : protein-protein 결합을 나타낸다.

[그림3] Edges 정보