Southern Blot #

원리와 실험방법 #

Genomic DNA에 존재하는 특정 유전자의 위치를 transfer 방법을 통해 판별하는 원리로 1975년 Southern에 의해 개발되었다. 기본 원리는 한 가닥으로 된 핵산이 이와 상보적인 염기서열의 또 다른 한 가닥의 핵산과 적당한 조건하에서 만나게 되면 이중나선 (DNA-DNA 또는 DNA-RNA)을 형성하는 Hybridization 원리를 응용하여 DNA 속에 특정 서열이 존재하는 지를 판별하는 것이다. Blotting 방법은 genomic DNA를 하나 혹은 여러 가지 제한효소로 자른 다음 생성된 각 DNA 조각을 agarose gel 전기 영동하여 분자량 순으로 분리한 후, gel 상에서 DNA를 변성시키고 gel로부터 solid support(흔히 nitrocellulose 혹은 nylon membrane)으로 이동시킨다. 이렇게 gel로부터 membrane으로 이동될 때 DNA조각들의 상대적인 위치는 유지되게 된다. Membrane에 부착된 DNA가 방사선 동위원소 혹은 비방사선 물질로 표지된 DNA 혹은 RNA(probe이라 부름)와 hybridization되고 자가 방사법 등을 통해 그 위치를 확인하는 것이다. 이러한 기술은 genomic DNA 뿐만 아니라 plasmid의 분석, cosmid, bacteriophage 등의 분석에도 활용된다. 이 방법을 응용하여 RNA를 분석하는 Northern blot, 단백질을 분석하는 Western blot이 개발되었고, 원리는 크게 다르지 않다. 

특성 및 응용분야 #

비증폭적 방법 중 전기 영동 시킨 DNA 필터를 옮기는 방법으로 유전자 검색의 가장 기본적인 방법이지만, 진단 목적으로 사용하기에는 많은 시간이 소요되어 실험이 어려운 단점이 있다. DNA 샘플에서 바로 서열을 분석하는 PCR등의 기법들이 존재하기 때문에 Southern blotting 자체는 실험실에서 그리 많이 쓰이지 않는다. 그러나 배아 줄기 세포의 유전자 결여 연구 등에 사용되어 유전병을 알아내는 데 사용되고 있다.

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