Sliding window #

서열을 비교할 때 일정한 영역(window) 사이즈를 정하고 영역을 옮겨가며 해당 영역의 서열들이 유사도 임계치(similarity cutoff) 이상이 되는지를 확인하여 비교하는 방법이다. 만약 window size를 10으로 정하고 similarity cutoff를 8로 정하였다면 A 서열의 1~10 번째 서열과 B 서열의 1~10번째 서열이 similarity cutoff 이상이 되는지 비교하고 A 서열의 2~11번째 서열과 B 서열의 1~10번째 서열을 비교하는 식으로 반복한다.

Sliding window 기법은 Dot plot 상의 노이즈를 줄여줌으로써, 서열 사이의 유의미한 유사영역만을 쉽게 파악하도록 도와준다. 물론 비교하고자 하는 서열간의 유사도에 따라 창의 크기와 임계치는 다르게 설정할 수 있으며, 새로운 자료를 분석할 때는 시행착오를 통해 두 값을 결정하는 것이 최선이라고 할 수 있다.

참고문헌 #

• 생명정보학, 월드사이언스, 조재창, 2007. 03., 26~27p

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