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Single cell RNA-seq #
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Category
Analysis

Single cell RNA-seq #

단세포의 전사체를 분석하는 방법

배경 #

현재까지는 세포 집단의 전사체를 연구했지만, 세포 각각의 발현 양상은 상이하기 때문에 정확한 연구 결과에는 한계가 있었다. Single cell 연구는 이런 한계점을 극복하고 새로운 기능을 갖고 있는 세포 소집단을 밝혀 내게 되었다.

방법 #

Single cell을 만드는 방법 중에 한가지로 Flow-activated cell sorting(FACS)방법이 있다. FACS는 형광 인자가 표지된 항체로 해당 항원을 발현하는 세포를 구별하고 다른 항원들도 동시에 구별이 가능하지만 항체가 필요하다는 단점이 있다. 현재는 수천개의 single cell cDNA 라이브러리를 합성하기 위해 SAMRT-seq 방법이 많이 사용되고 있는 추세이다. 이에 Clontech에서는 고유의 SMART(Switching Machanism At the 5’-end of RNA Transscript) 기술을 이용하여 single cell을 이용한 RNA-seq에 적합한 cDNA를 만들 수 있는 제품이 출시된 바 있다.

RNA-seq 데이터를 분석하기 위해 프로그래밍3 언어인 R에 기반한 여러 가지 package들(e.g.bioconductor, edge R, Singular)이 사용되고 있다.

전망 #

Single cell RNA-seq을 통해 아직 밝혀지지 않은 cell의 유형을 밝힐 수 있으며, 앞으로 전체적인 population 수준의 분석이 아닌 각각의 세포분석을 통해 보다 정확한 진단 및 치료방법이 개발될 것이다.

출처 #

<http://www.ksmcb.or.kr/board/list.html?num=3988&start=0&sort=top%20desc,pos%20asc,num%20desc&code=bbs15&period=&&title=05&key=&keyword=>

<http://totalomics.kr/index.php/%EB%B6%84%EC%84%9D%EC%9E%A5%EB%B9%84%EC%86%8C%EA%B0%9C_2014_09%EC%9B%94%ED%98%B8>

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