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곁사슬은 모든 다양한 접힘방식을 생성하기위해 필요한 물리화학적 기능을 제공합니다. 20개의 아미노산의 곁사슬은 다음과 같은 방식에서 다양합니다.

크기 : 가장 작은 글리신은 오직 수소 원자만으로 구성됩니다; 가장 큰 페닐알라닌은 벤젠 고리를 포함 합니다.
전하 : 몇몇의 곁사슬은 중성의 pH 상태에서 순 양전하 또는 음전하를 지닙니다. Asp 와 Glu 는 음전하를 띱니다. Lys, Arg 그리고 His는 양전하를 띱니다. 반대 표시의 하전된 잔여물은 소금 다리라고 불리는 끌리는 쌍으로 이루어지는 상호작용을 형성하게 됩니다.
극성 : 몇몇의 곁사슬은 극성을 지닙니다; 그들은 다른 극성의 곁사슬, 주사슬 또는 물에 수소결합을 형성할 수 있습니다. 다른 곁사슬은 전자적으로 중성입니다. 이러한 것들 중 몇몇은 메탄이나 벤젠같은 일반 탄화수소에 관련된 화학적인 그룹을 포함합니다. 물과 열역학적으로 좋지 않은 탄화수소 상호작용 때문에 이것들을 ‘소수성’ 잔여물이라고 부릅니다. 첫번째 단백질 구조가 발견되기 전 W.J. Kauzmann에 의해 예측된 단백질 내부의 수소성 잔여물의 군집은 단백질의 안정성에 중요한 기여를 합니다. 이러한 효과는 샐러드 드레싱의 오일 몇방울이 형성되는 것과 유사합니다.
모양과 강도 : 곁사슬의 전체 모양은 이것의 화학적 구조와 내부의 형태적 자유도에 의존합니다.