STITCH #
Find similar titles

소개 #

STITCH는 network parameter를 수정하고, 이미지를 생산하며, query를 명확하게 할 수 있는 등의 programmatic access를 허용하는 광범위한 API와 새롭게 재디자인된 web interface(http://stitch.embl.de)를 통해서 사용할 수 있음.
API나 web-interface로 불가능한 large-scale analysis를 가능하도록 precomputed network와 보충 정보의 다운로드가 가능함(free). Organism을 선택하여 다운로드할 수도 있음.
STITCH는 chemical과 protein간의 알려지거나 예측된 interaction의 DB로 현재 5.0 버전이 제공되고 있음. 이 interaction은 computational prediction, organism 간의 지식 전달, 다른 기초 DB로부터 얻어진 상호작용을 기반으로 한 직접적(물리적), 간접적(기능적) 연관성을 포함함.
STITCH에 있는 interaction은 PubChem, PDSP Ki Database, GLIDA, DrugBank, TTD, ChEMBL, CTD, PharmGKB 등 수많은 resource로부터 자료를 가져옴. 그를 통해 5개의 main source를 기반으로 interaction을 추출함 : Genomic Context Predictions, High-throughput Lab Experiments, (Conserved) Co-Expression, Automated Textmining, Previous Knowledge in Databases
STITCH DB는 현재 2,031 organisms의 9,643,763 proteins에 대한 정보를 가지고 있음.

STITCH는 크게 3가지 목적으로 사용됨 : web interface를 통한 small-, medium-scale analysis, bulk download files를 이용한 large-scale analysis, 새로운 web-based resources 개발을 위한 STITCH data의 가공.

확인하고자 하는 protein, chemical, drug 등을 입력하고, 해당 organism을 선택함. 입력 양식은 name이나 sequence, identifier를 직접 입력하거나 file로 업로드할 수 있음. 각 양식에서는 입력에 대한 예시를 제공함.

특정 protein group에서 예측되는 연관성 네트워크를 보여줌. node는 protein, chemical, drug 등으로, 클릭하면 해당 정보와 DB 소스, 3차원 구조 등을 popup window에서 보임. edge는 node 간에서 예측되는 기능적 연관성을 나타내며 4가지 모드로 세팅이 가능함.
Evidence mode
- 최대 7가지의 색상으로 예측되는 연관성을 나타냄
  - Red line : indicates the presence of fusion evidence
  - Green line : neighborhood evidence
  - Blue line : cooccurrence evidence
  - Purple line : experimental evidence
  - Yellow line : textmining evidence
  - Light blue line : database evidence
  - Black line : coexpression evidence.