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STAR Outputs #

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2회 업데이트 됨.

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  • 최초 작성자
    Myunghee Jung
  • 최근 업데이트
    green

Structured data

Category
Software

STAR를 이용한 맵핑 결과를 해석하는데 있어서 도움이 될 만한 내용들을 다음과 같이 정리하였다.

Log files #

Log.out #

프로그램 버전, 파라미터 등 실행과 관련된 로그가 정리된 파일로 troubleshooting이나 debugging시 유용한 정보를 제공한다.

Log.progress.out #

분석이 완료된 reads count 등 진행 상황에 대한 통계값을 제공하며 1분 단위로 갱신된다.

       Time    Speed        Read     Read   Mapped   Mapped   Mapped   Mapped Unmapped Unmapped Unmapped Unmapped
                M/hr      number   length   unique   length   MMrate    multi   multi+       MM    short    other
Aug 25 12:45:37      1.2      115854      200    39.6%    198.6     0.3%     9.1%    14.3%     0.0%    36.9%     0.1%
Aug 25 12:46:38     21.3     2436323      200    39.7%    198.6     0.3%     9.0%    14.2%     0.0%    37.0%     0.1%

Log.final.out #

Log.final.out은 STAR alignment 결과 mapped read count 등 통계값을 제공한다. 특히 각 reads의 맵핑 위치에 따라 다음과 같이 분류하여 해당되는 reads count 정보를 보여준다.

> cat final.out
                             Started job on |   Aug 25 15:28:40
                         Started mapping on |   Aug 25 15:28:42
                                Finished on |   Aug 25 15:58:28
     Mapping speed, Million of reads per hour | 97.16

                      Number of input reads |   48200014
                  Average input read length |   199
                                UNIQUE READS:
               Uniquely mapped reads number |   27683264
                    Uniquely mapped reads % |   57.43%
                      Average mapped length |   198.46
                   Number of splices: Total |   2368813
        Number of splices: Annotated (sjdb) |   1528115
                   Number of splices: GT/AG |   2318929
                   Number of splices: GC/AG |   4341
                   Number of splices: AT/AC |   94
           Number of splices: Non-canonical |   45449
                  Mismatch rate per base, % |   0.29%
                     Deletion rate per base |   0.01%
                    Deletion average length |   1.74
                    Insertion rate per base |   0.02%
                   Insertion average length |   1.12
                         MULTI-MAPPING READS:
    Number of reads mapped to multiple loci |   4578708
         % of reads mapped to multiple loci |   9.50%
    Number of reads mapped to too many loci |   9745331
         % of reads mapped to too many loci |   20.22%
                              UNMAPPED READS:
    % of reads unmapped: too many mismatches |  0.00%
             % of reads unmapped: too short |   12.80%
                 % of reads unmapped: other |   0.05%
                              CHIMERIC READS:
                   Number of chimeric reads |   0
                        % of chimeric reads |   0.00%

Uniquely mapped reads number #

하나의 위치에 특이적으로 맵핑된 경우를 말한다.

Number of reads mapped to multiple loci #

여러 loci에 맵핑되는 reads이다.

Number of reads mapped to too many loci #

--outFilterMultimapNmax 파라미터 (default = 10)에 의해 설정되는 mapping loci의 최대 허용값을 초과하여 맵핑되는 경우를 말하며 이 경우 unmapped로 filter out된다. 즉 이에 해당되는 reads는 최종 SAM 파일에서는 제외된다.

SAM file #

Alignment 결과 최종적으로 다음 분석을 위해 제공되는 파일로 SAM 또는 BAM format을 갖는다 (--outSAMtype SAM 또는 BAM 선택).

앞서 Log.final.out에서 살펴보았듯 uniquely mapped reads와 reads mapped to multiple loci만 포함되며 multiple loci에 맵핑되는 read의 경우 mapping loci 별 각각의 라인으로 여러 번 출력된다.

HWI-D00574:199:C9J38ANXX:2:2101:16988:12647    256    contig_4    2436215    3    4S42M    *    0    0    ACGGAGGGTGAGTCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCG    BCBCBCEGGGGGGGGGGGGGGGGGGEGFFEGGGGGGGFGGGFGDGG    NH:i:2    HI:i:1    AS:i:29    nM:i:6
HWI-D00574:199:C9J38ANXX:2:2101:16988:12647    0    contig_808    28208    3    1S45M    *    0    0    ACGGAGGGTGAGTCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCG    BCBCBCEGGGGGGGGGGGGGGGGGGEGFFEGGGGGGGFGGGFGDGG    NH:i:2    HI:i:2    AS:i:30    nM:i:7

따라서 samtools flagstat으로는 SAM (또는 BAM) 파일로부터 mapping reads count를 얻을 수 없고 multi-hit이 포함된 alignment 개수를 확인할 수 있다. 이때 samtools view에서 적절한 flag를 지정하면 mapped read count를 얻을 수 있다.

# alignments 수 출력
> samtools flagstat star_out.bam

11,485,282 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)
0 + 0 duplicates
11,485,282 + 0 mapped (100.00%:-nan%)

# mapped reads 수 출력
> samtools view -F 0x904 -c star_out.bam

위의 예시에서 사용된 0x904는 read unmapped, not primary alignment, supplementary alignment를 의미하며 -F 파라미터에 의해 이에 해당되지 않는 reads의 수만 계산하여 보여준다 (-c).

이를 이용하여 여러 loci에 맵핑되었더라도 하나의 alignment만 추출하여 새로운 BAM 파일을 형성하는 방법은 다음과 같다.

> samtools view -bF 0x904 -o star_out_map1.bam star_out.bam

Suggested Pages #

0.0.1_20240214_1_v81