SOAPdenovo
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jkpark@insilicogen.com
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SOAPdenovo #
SOAPdenovo의 소개 #
SOAPdenovo는 간략하게 말하면 짧은 read assembly 방법으로 이 방법은 human-sized genome들을 위한 de novo assembly를 구축할 수 있습니다. 이 program은 reference sequence를 구축하는 것과 밝혀지지 않은 genome을 분석하는 데 이용할 수 있습니다. 현재 새로운 version으로 SOAPdenovo2를 이용할 수 있습니다. 새로운 version에서는 그래프 구축 동안에 메모리 소비를 낮추는 것과 contig assembly 내 반복 region을 해결하는 것 등을 보완하였습니다.
System 요구조건들 #
SOAPdenovo는 거대한 식물과 동물의 genome을 목표로 개발되었으며 이 program은 박테리아와 진균류에도 이용할 수 있습니다. SOAPdenovo는 64-bit Linux system과 최소 5G 물리 메모리가 필요합니다. 또한 인간과 같은 거대한 genome에서는 최소 150G 메모리가 필요합니다.
SOAPdenovo 실행방법 #
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먼저 configuration file을 준비하면 일반적으로 아래와 같은 방법으로 assembler를 실행할 수 있습니다.
- ${bin} all -s config_file -k 63 -R -o graph_prefix 1>ass.log 2>ass.err
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또한, 사용자가 assembly 단계별로 선택하여 실행할 수 있습니다.
- step1 : ${bin} pregraph -s config_file -k 63 -R -o graph_prefix 1>pregraph.log 2>pregraph.err
- step2 : ${bin} contig -g graph_prefix -R 1>contig.log 2>contig.err
- step3 : ${bin} map -s config_file -g graph_prefix 1>map.log 2>map.err
- step4 : ${bin} scaff -g graph_prefix -F 1>scaff.log 2>scaff.err
참고 site #
- home site(http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html)
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