SEG-Map (Sequencing enabled genotyping from mapping recombination populations) #

1. SEG-Map은 NGS 데이터를 활용한 genotype calling과 geneic map construction을 수행하기 위한 소프트웨어
2. 육종을 위해 표현형의 장점이 강한 대표 품종들의 교배를 통해 얻어진 recombinant mapping population의 효율적인 haplotype map을 작성
3. 대표적으로 벼의 indica 품종과 japonica 품종간의 교배를 통해 얻어진 교잡종의 genetic map construction
4. Map construction을 위해 indica, japonica의 경우 1kb 마다 평균 2-3 SNPs를 이용
5. 각 모본과 부본간의 차이나는 SNPs 정보를 바탕으로 recombinant break point를 추정

6. 프로그램 구성

   PseudoMolecule 구성을 위한 단계 : 'PseudoMaker'
   NGS reads mapping을 위한 단계 : 'SSAHA2'
   SNPs detection을 위한 genotyping 단계 : 'Ssaha2rlt', /Soap2rit'
   Recombination event 분석 단계 : 'Seq2Bin'
   각각의 map 완성 : 'Bin2MCD'
   

   

7. 프로그램 다운로드 : http://www.ncgr.ac.cn/software/SEG

8. 참고문헌 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3091774/)