SEP-map
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최초 작성자
yhshin@insilicogen.com
- 최근 업데이트
Structured data
- Category
- Software
SEG-Map (Sequencing enabled genotyping from mapping recombination populations) #
- SEG-Map은 NGS 데이터를 활용한 genotype calling과 geneic map construction을 수행하기 위한 소프트웨어
- 육종을 위해 표현형의 장점이 강한 대표 품종들의 교배를 통해 얻어진 recombinant mapping population의 효율적인 haplotype map을 작성
- 대표적으로 벼의 indica 품종과 japonica 품종간의 교배를 통해 얻어진 교잡종의 genetic map construction
- Map construction을 위해 indica, japonica의 경우 1kb 마다 평균 2-3 SNPs를 이용
- 각 모본과 부본간의 차이나는 SNPs 정보를 바탕으로 recombinant break point를 추정
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프로그램 구성
PseudoMolecule 구성을 위한 단계 : 'PseudoMaker' NGS reads mapping을 위한 단계 : 'SSAHA2' SNPs detection을 위한 genotyping 단계 : 'Ssaha2rlt', /Soap2rit' Recombination event 분석 단계 : 'Seq2Bin' 각각의 map 완성 : 'Bin2MCD'
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프로그램 다운로드 : http://www.ncgr.ac.cn/software/SEG
- 참고문헌 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3091774/)
