Skip to content

SCOPe #
Find similar titles

Structured data

Category
Database

SCOPSCOPe #

단백질 3D구조를 분류한 SCOP은 Species, Protein, Family, Superfamily, Folds, Class 계층으로 alpha, beta, alpha or beta, alpha + beta 구조적인 형태로 분류하였다.(그림1) 이러한 분류는 모두 수작업에 의한 것이기에 구조 및 진화 연구에 매우 중요한 정보를 제공하였다.

Image

<그림1. SCOP 데이터의 계층>

scop 데이터 계층 정의 #

  • Species - 별개의 단백질 서열 갖거나, 자연발생 또는 인공적으로 생성된 변이체
  • Protein - 같은 종의 다른 isoform 이거나, 생물학적으로 다른종의 본질적인 동일한 기능을 가지고 있는 유사한 서열들
  • Family - 패밀리는 단백질 서열로는 유사하나, 대체적으로 명확한 고유 기능을 갖고 있음.
  • Superfamily - 공통적인 기능 및 구조적 특징을 갖는 단백질 패밀리를 말하며, 공통 진화 조상으로부터 유래 된 것으로 추론함.
  • Folds - 구조적으로 유사한 superfailly 그룹
  • Classes - 단백질 2차 구조 기준의 분류

SCOP과 SCOPe #

SCOP은 2009년 1.75버전을 마지막으로 더이상 업데이트가 되지 않았으나,2012년 SCOPe라는 새로운 이름으로 변경되었다. SCOPe로의 변경은 단순히 이름만 변경이 된것이 아니라 사용한 구조 데이터의 적용범위도 변경되었다. 초기에는 PDB 서열 일부만을 맵핑하였으나, 2012년도 이후에는 그 범위를 확대하였으며, 기존의 수작업 기반의 정보외에 자동화방법도 병행하여, 현재 PDB 내 모든 entry를 대상으로 분류정보를 제공하고 있다.(그림2)(그림3)

Image

<그림2. SCOPe 디자인 및 사이즈(2018 기준)>

Image

<그림3. SCOPe 릴리즈(2018 기준)>

SCOPe의 분류 정보 #

SCOPe의 분류는 현재 12가지의 형태이다. 특히 분류된 구조의 서열정보 데이터베이스인 ASTRAL 정보도 통합하여 3D 구조 관련 분류 및 서열 정보를 제공하고 있다.(그림4)

Image

<그림4. SCOPe 분류정보>

SCOPe의 데이터 변천사 #

SCOPe 데이터 통계 #

SCOPe의 주요 7개의 클래스(classes)는 정기적으로 업데이트되고 있으며, 가장 최신에는 98,717 PDB 엔트리와 313,069 도메인(domains)을 제공하고 있다.(2020.05.07, 그림5)

Image

<그림5. SCOPe 데이터 통계>

SCOPe 데이터 성장 #

SCOPe의 데이터는 PDB 엔트리를 기준으로, 성장하고 분류하고 있다.

Release Freeze date Release date Months to release Total PDB entries Total PDB entries classified Total domains classified
SCOP 1.55 2001–03 2001–07 4 13,307 13,228 31,474
SCOP 1.57 2001–10 2002–01 3 14,833 14,736 35,755
SCOP 1.59 2002–03 2002–05 2 16,067 15,985 39,893
SCOP 1.61 2002–09 2002–11 2 17,510 17,411 44,327
SCOP 1.63 2003–03 2003–06 3 19,049 18,951 49,497
SCOP 1.65 2003–08 2003–12 4 20,715 20,619 54,745
SCOP 1.67 2004–05 2005–02 9 24,151 24,036 65,122
SCOP 1.69 2004–10 2005–07 9 26,124 25,972 70,859
SCOP 1.71 2005–01 2006–10 21 27,844 27,599 75,930
SCOP 1.73 2007–09 2007–11 2 44,156 34,494 97,178
SCOP 1.75 2009–02 2009–06 4 53,832 38,221 110,800
SCOPe 2.01 2012–02 2012–03 1 76,312 49,219 135,634
SCOPe 2.02 2012–11 2013–01 2 83,296 49,560 136,313
SCOPe 2.03 2013–08 2013–10 2 90,354 59,514 167,547
SCOPe 2.04 2014–04 2014–07 3 96,087 67,580 192,710
SCOPe 2.05 2014–12 2015–02 3 102,263 71,015 203,026
SCOPe 2.06 2016–01 2016–02 1 113,035 77,439 244,326
SCOPe 2.07 2017–12 2018–03 3 133,747 87,224 276,231

출처 #

0.0.1_20140628_0