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SCOPe #
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SCOPSCOPe #

단백질 3D구조를 분류한 SCOP은 Species, Protein, Family, Superfamily, Folds, Class 계층으로 alpha, beta, alpha or beta, alpha + beta 구조적인 형태로 분류하였다. (그림1) 이러한 분류는 모두 수작업에 의한 것이기에 구조 및 진화 연구에 매우 중요한 정보를 제공하였다.

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<그림1. SCOP 데이터의 계층>

scop 데이터 계층 정의 #

  • Species - 별개의 단백질 서열 갖거나, 자연발생 또는 인공적으로 생성된 변이체
  • Protein - 같은 종의 다른 isoform 이거나, 생물학적으로 다른 종의 본질적인 동일한 기능을 가지고 있는 유사한 서열들
  • Family - 패밀리는 단백질 서열로는 유사하나, 대체적으로 명확한 고유 기능을 갖고 있음.
  • Superfamily - 공통적인 기능 및 구조적 특징을 갖는 단백질 패밀리를 말하며, 공통 진화 조상으로부터 유래 된 것으로 추론함.
  • Folds - 구조적으로 유사한 superfailly 그룹
  • Classes - 단백질 2차 구조 기준의 분류

SCOP과 SCOPe #

SCOP은 2009년 1.75버전을 마지막으로 더이상 업데이트가 되지 않았으나, 2012년 SCOPe라는 새로운 이름으로 변경되었다. SCOPe로의 변경은 단순히 이름만 변경이 된 것이 아니라 사용한 구조 데이터의 적용범위도 변경되었다. 초기에는 PDB 서열 일부만을 맵핑하였으나, 2012년도 이후에는 그 범위를 확대하였으며, 기존의 수작업 기반의 정보 외에 자동화 방법도 병행하여, 현재 PDB 내 모든 entry를 대상으로 분류정보를 제공하고 있다.(그림2)(그림3)

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<그림2. SCOPe 디자인 및 사이즈(2018 기준)>

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<그림3. SCOPe 릴리즈(2018 기준)>

SCOPe의 분류 정보 #

SCOPe의 분류는 현재 12가지의 형태이다. 특히 분류된 구조의 서열정보 데이터베이스인 ASTRAL 정보도 통합하여 3D 구조 관련 분류 및 서열 정보를 제공하고 있다.(그림4)

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<그림4. SCOPe 분류정보>

SCOPe의 데이터 변천사 #

SCOPe 데이터 통계 #

SCOPe의 주요 7개의 클래스(classes)는 정기적으로 업데이트되고 있으며, 가장 최신에는 98,717 PDB 엔트리와 313,069 도메인(domains)을 제공하고 있다.(2020.05.07, 그림5)

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<그림5. SCOPe 데이터 통계>

SCOPe 데이터 성장 #

SCOPe의 데이터는 PDB 엔트리를 기준으로, 성장하고 분류하고 있다.

Release Freeze date Release date Months to release Total PDB entries Total PDB entries classified Total domains classified
SCOP 1.55 2001–03 2001–07 4 13,307 13,228 31,474
SCOP 1.57 2001–10 2002–01 3 14,833 14,736 35,755
SCOP 1.59 2002–03 2002–05 2 16,067 15,985 39,893
SCOP 1.61 2002–09 2002–11 2 17,510 17,411 44,327
SCOP 1.63 2003–03 2003–06 3 19,049 18,951 49,497
SCOP 1.65 2003–08 2003–12 4 20,715 20,619 54,745
SCOP 1.67 2004–05 2005–02 9 24,151 24,036 65,122
SCOP 1.69 2004–10 2005–07 9 26,124 25,972 70,859
SCOP 1.71 2005–01 2006–10 21 27,844 27,599 75,930
SCOP 1.73 2007–09 2007–11 2 44,156 34,494 97,178
SCOP 1.75 2009–02 2009–06 4 53,832 38,221 110,800
SCOPe 2.01 2012–02 2012–03 1 76,312 49,219 135,634
SCOPe 2.02 2012–11 2013–01 2 83,296 49,560 136,313
SCOPe 2.03 2013–08 2013–10 2 90,354 59,514 167,547
SCOPe 2.04 2014–04 2014–07 3 96,087 67,580 192,710
SCOPe 2.05 2014–12 2015–02 3 102,263 71,015 203,026
SCOPe 2.06 2016–01 2016–02 1 113,035 77,439 244,326
SCOPe 2.07 2017–12 2018–03 3 133,747 87,224 276,231

출처 #

0.0.1_20140628_0