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R (프로그래밍 언어) qtl #
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R/qtl 은 확장가능하고, 상호반응환경을 제공하는 QTL 분석을 위한 R (프로그래밍 언어) 패키지이다.

데이터 형식 #

네가지 데이터 형식을 지원한다.

  • csv: 유전자형과 표현형을 한 파일에 둔 테이블 파일로, 열에는 형질 및 유전좌위정보를, 행에는 각 개체별 데이터를 기록한다. 유전형은 "A, H, B -" 4개의 값을 가지며 각각 Major homo, hetero, minor homo, missing을 의미한다.
  • csvr: csv를 전치행렬로 변환
  • csvs: 유전자형 파일과 표현형 파일을 별도로 둔다.
  • csvsr: csvs를 전치행렬로 변환

사용법 요약 #

데이터 로드 (genotype, phenotype 따로. genotype은 A, H, B, C, D로 코드)

library(qtl)
potato <- read.cross("csvs", ".", "potato_geno.csv", "potato_pheno.csv")
potato <- drop.nullmarkers(potato)

모든 마커들간에 Recombination fractions 계산, LOD score 계산

potato <- est.rf(potato)  
plotRF(potato)
plotRF(potato, chr=c(1,4))

Genetic map 재 추정

newmap <- est.map(potato, error.prob=0.01)  # re-estimate genetic map
potato <- replace.map(potato, newmap)

genotyping error 확인

potato <- calc.errorlod(potato, error.prob=0.01)
plotGeno(potato)
plotInfo(potato)

마지막으로, QTL mapping

potato <- calc.genoprob(potato, step=1, error.prob=0.01)
out.em <- scanone(potato)
out.hk <- scanone(potato, method="hk")
out.sim <- sim.geno(potato, step=2, n.draws=16, error.prob=0.01)
out.imp <- scanone(out.sim, method="imp")

그림확인

plot(out.em)
plot(out.em, out.hk, out.imp, chr=c(1,4,15))
plot(out.imp, col="red", add=TRUE)

결과 예제 #

분석 결과로 다음과 같이 특정 유전체 영역에 특정 형질의 LOD score를 표시한다.

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0.0.1_20140628_0