miniCRAN #

miniCRAN은 Local 기반의 R Package 설치를 도아주는 Package이다. 일반적인 Package의 Source만 저장하는 것이 아닌 해당 Package의 Dependency까지 자동으로 획득하여 Repo를 구성하며 해당 Repo에 속할 Info파일을 생성 및 관리한다. 특히나 CRAN 및 CRAN의 Mirror사이트 외에도 Bioconductor, R-forge등의 Repository의 정보를 종합 및 취합할 수 있는 장점이 있어 특히나 인트라넷의 구성에 활용 할 수 있다.

Install #

Internet(외부 Repository와 연결된)환경에서 R을 실행 후

install.packages("miniCRNA")

을 실행하면 기본 "repos"를 사용하여 설치를 하게 된다

Revolution Analytics CRNA repos : "http://cran.revolutionanalytics.com"

Example #

Vector로 이루어진 문자형의 Package를 통해 pkgDep 함수를 사용하면 Return값으로 해당 Dependency의 Tree를 문자형의 나열된 Vector로 반환한다.

revolution <- c(CRAN="http://cran.revolutionanalytics.com")
pkgs <- c("foreach")
pkgList <- pkgDep(pkgs, repos=revolution, type="source")
pkgList
## [1] "foreach" "codetools" "iterators"

위는 miniCRAN의 tutorial이며 간단한 명령어를 통해 miniCRAN의 작동 원리와 결과를 확인 할 수 있다.

makeRepo(pkgList, path=pth, repos=revolution, type="source")

위 명령어를 통해 pth 경로에 Source를 포함한 Repository를 생성한다.

ir.create(pth <- file.path(tempdir(), "miniCRAN"))

를 통해 임시 폴더에 Repo를 생성 가능하며 tempdir() 대신 getwd()를 사용하면 현재 Working directory를 대상으로 Repo를 설정한다.

Advanced usage #

아래 커맨드를 통해 Bioconductor와 Dependency정보를 갖는 Repo정보를 불러올수 있다

bioc <- local({
  env <- new.env()
  on.exit(rm(env))
  evalq(source("http://bioconductor.org/biocLite.R", local=TRUE), env)
  biocinstallRepos()})

bioc는 Vector로 해당 URLs의 name을 CRAN으로 강제 변환후 makeRepo의 repos Argument에 대입하면 Bioconductor의 R Packages 또한 miniCRAN을 이용하여 사용할 수 있다.

Suggested Pages #

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