개요 #

RCircos는 Circos plot을 그리는 R package로 손쉽게 여러 형태의 plots을 조합할 수 있도록 많은 도구가 준비되어 있다.

사용 #

RCircos는 비교적 간단히 이용 할 수 있지만 기본적으로 Circos plot을 그리기 위해서는 복잡한 데이터의 연관성을 고려하여야 한다 그렇기 때문에 RCircos의 Manual에서 제공하는 Example를 기본으로 하여 사용법을 설명 하도록 한다

• 예시

library(RCircos)
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
chr.exclude <- NULL;
cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram;
tracks.inside <- 10;
tracks.outside <- 0;
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude,
                              + tracks.inside, tracks.outside);
RCircos.Set.Plot.Area();
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot();

data(RCircos.Gene.Label.Data);
name.col <- 4;
side <- "in";
track.num <- 1;
RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
                              + track.num, side);
track.num <- 2;
RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
                         + name.col,track.num, side);

data(RCircos.Heatmap.Data);
data.col <- 6;
track.num <- 5;
side <- "in";
RCircos.Heatmap.Plot(RCircos.Heatmap.Data, data.col,
                       + track.num, side);

• Ideogram

  • 데이터

    Chromosome ChromStart ChromEnd   Band  Stain
    1       chr1          0  2300000 p36.33   gneg
    2       chr1    2300000  5400000 p36.32 gpos25
    3       chr1    5400000  7200000 p36.31   gneg
    4       chr1    7200000  9200000 p36.23 gpos25
    5       chr1    9200000 12700000 p36.22   gneg
    6       chr1   12700000 16200000 p36.21 gpos50
    

  • 코드

    data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
    
    RCircos.Set.Plot.Area();
    
    chr.exclude <- NULL;
    cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram;
    tracks.inside <- 10;
    tracks.outside <- 0;
    RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude,
                                  + tracks.inside, tracks.outside);
    
    RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot();
    

실제 plotting을 위해서는 "RCircos.Set.Plot.Area()"를 통해 Command의 개시를 선언해 주어야 한다. 또한 "RCircos.Set.Core.Components"를 통해 기본적인 도형의 기본 속성을 지정해 줄 수 있으며 Plot의 Depth등을 정해 주어야 한다.

• Connector, Name plot

  • 코드

    data(RCircos.Gene.Label.Data);
    name.col <- 4;
    side <- "in";
    track.num <- 1;
    RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
                                  + track.num, side);
    track.num <- 2;
    RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
                             + name.col,track.num, side);
    

"track.num"는 Core 파라메터 선정에 따라 위치할 Track을 설정할 수 있으며 안과 밖 모두 설정이 가능하다.

• Heatmap

  • 코드

    data(RCircos.Heatmap.Data);
    data.col <- 6;
    track.num <- 5;
    side <- "in";
    RCircos.Heatmap.Plot(RCircos.Heatmap.Data, data.col,
                           + track.num, side);
    

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