R (프로그래밍 언어)
RCircos
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최초 작성자
shshin@insilicogen.com
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최근 업데이트
dskyoung-intern@insilicogen.com
Structured data
- Category
- Software
개요 #
RCircos는 Circos plot을 그리는 R package로 손쉽게 여러 형태의 plots을 조합할 수 있도록 많은 도구가 준비되어 있다.
사용 #
RCircos는 비교적 간단히 이용 할 수 있지만 기본적으로 Circos plot을 그리기 위해서는 복잡한 데이터의 연관성을 고려하여야 한다 그렇기 때문에 RCircos의 Manual에서 제공하는 Example를 기본으로 하여 사용법을 설명 하도록 한다
- 예시
library(RCircos)
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
chr.exclude <- NULL;
cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram;
tracks.inside <- 10;
tracks.outside <- 0;
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude,
+ tracks.inside, tracks.outside);
RCircos.Set.Plot.Area();
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot();
data(RCircos.Gene.Label.Data);
name.col <- 4;
side <- "in";
track.num <- 1;
RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
+ track.num, side);
track.num <- 2;
RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
+ name.col,track.num, side);
data(RCircos.Heatmap.Data);
data.col <- 6;
track.num <- 5;
side <- "in";
RCircos.Heatmap.Plot(RCircos.Heatmap.Data, data.col,
+ track.num, side);
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Ideogram
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데이터
Chromosome ChromStart ChromEnd Band Stain 1 chr1 0 2300000 p36.33 gneg 2 chr1 2300000 5400000 p36.32 gpos25 3 chr1 5400000 7200000 p36.31 gneg 4 chr1 7200000 9200000 p36.23 gpos25 5 chr1 9200000 12700000 p36.22 gneg 6 chr1 12700000 16200000 p36.21 gpos50
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코드
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram) RCircos.Set.Plot.Area(); chr.exclude <- NULL; cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram; tracks.inside <- 10; tracks.outside <- 0; RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude, + tracks.inside, tracks.outside); RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot();
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실제 plotting을 위해서는 "RCircos.Set.Plot.Area()"를 통해 Command의 개시를 선언해 주어야 한다. 또한 "RCircos.Set.Core.Components"를 통해 기본적인 도형의 기본 속성을 지정해 줄 수 있으며 Plot의 Depth등을 정해 주어야 한다.
- Connector, Name plot
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코드
data(RCircos.Gene.Label.Data); name.col <- 4; side <- "in"; track.num <- 1; RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, + track.num, side); track.num <- 2; RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, + name.col,track.num, side);
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"track.num"는 Core 파라메터 선정에 따라 위치할 Track을 설정할 수 있으며 안과 밖 모두 설정이 가능하다.
- Heatmap
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코드
data(RCircos.Heatmap.Data); data.col <- 6; track.num <- 5; side <- "in"; RCircos.Heatmap.Plot(RCircos.Heatmap.Data, data.col, + track.num, side);
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