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R (프로그래밍 언어) RCircos #
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Structured data

Category
Software

개요 #

RCircos는 Circos plot을 그리는 R package로 손쉽게 여러 형태의 plots을 조합할 수 있도록 많은 도구가 준비되어 있다.

사용 #

RCircos는 비교적 간단히 이용 할 수 있지만 기본적으로 Circos plot을 그리기 위해서는 복잡한 데이터의 연관성을 고려하여야 한다 그렇기 때문에 RCircos의 Manual에서 제공하는 Example를 기본으로 하여 사용법을 설명 하도록 한다

  • 예시

Image

library(RCircos)
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
chr.exclude <- NULL;
cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram;
tracks.inside <- 10;
tracks.outside <- 0;
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude,
                              + tracks.inside, tracks.outside);
RCircos.Set.Plot.Area();
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot();

data(RCircos.Gene.Label.Data);
name.col <- 4;
side <- "in";
track.num <- 1;
RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
                              + track.num, side);
track.num <- 2;
RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
                         + name.col,track.num, side);

data(RCircos.Heatmap.Data);
data.col <- 6;
track.num <- 5;
side <- "in";
RCircos.Heatmap.Plot(RCircos.Heatmap.Data, data.col,
                       + track.num, side);
  • Ideogram

    • 데이터

      Chromosome ChromStart ChromEnd   Band  Stain
      1       chr1          0  2300000 p36.33   gneg
      2       chr1    2300000  5400000 p36.32 gpos25
      3       chr1    5400000  7200000 p36.31   gneg
      4       chr1    7200000  9200000 p36.23 gpos25
      5       chr1    9200000 12700000 p36.22   gneg
      6       chr1   12700000 16200000 p36.21 gpos50
      
    • 코드

      data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
      
      RCircos.Set.Plot.Area();
      
      chr.exclude <- NULL;
      cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram;
      tracks.inside <- 10;
      tracks.outside <- 0;
      RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude,
                                    + tracks.inside, tracks.outside);
      
      RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot();
      

실제 plotting을 위해서는 "RCircos.Set.Plot.Area()"를 통해 Command의 개시를 선언해 주어야 한다. 또한 "RCircos.Set.Core.Components"를 통해 기본적인 도형의 기본 속성을 지정해 줄 수 있으며 Plot의 Depth등을 정해 주어야 한다.

  • Connector, Name plot
    • 코드

      data(RCircos.Gene.Label.Data);
      name.col <- 4;
      side <- "in";
      track.num <- 1;
      RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
                                    + track.num, side);
      track.num <- 2;
      RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
                               + name.col,track.num, side);
      

"track.num"는 Core 파라메터 선정에 따라 위치할 Track을 설정할 수 있으며 안과 밖 모두 설정이 가능하다.

  • Heatmap
    • 코드

      data(RCircos.Heatmap.Data);
      data.col <- 6;
      track.num <- 5;
      side <- "in";
      RCircos.Heatmap.Plot(RCircos.Heatmap.Data, data.col,
                             + track.num, side);
      

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