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R (프로그래밍 언어) Heatmap #
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Structured data

Category
Software

개요 #

Heatmap은 데이터의 분포를 색을 이용하여 나타내어 데이터의 분포와 그 관계에 대한 정보를 이해하기 쉽게 제공한다.

R을 이용한 Heatmap #

  1. R을 이용한 Heatmap package는 여러가지가 있으나. gplots의 heatmap.2와 heatmap3를 이용하여 설명하려한다.
  2. Heatmap의 Data는 내장된 mtdata를 사용하며 이 데이터는 "Motor Trend Car Road Tests"로 자세한 사항은 dataset package를 참고하며 링크는 다음과 같다. (https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/datasets/html/00Index.html)
  3. 위 데이터는 아래와 같은 데이터를 갖는다.

    mpg 연비
    cyl 실린더의 수
    disp 배기량
    hp 마력
    drat 후방차축비율
    wt 무게
    qsec 1/4 mile 도달시간
    vs V/S
    am 트랜스미션
    gear 전방기어의 수
    carb 내연기관의 기화기
    
  4. 위 데이터로 그린 Heatmap은 다음과 같다.

Image

  1. heatmap3의 경우 Information plot을 함께 그려주어 Input data의 annotation을 쉽게 확인 할 수 있다.

Image

주의할점 #

데이터의 Visualization 측면에서 매우 유용하게 사용 되나 위와 같은 데이터는 각 범주간 Normalization 되지 않은 값을 사용하여 나머지 값들의 분포를 확인할 수 없는 경향을 확인 할 수 있다. 이렇듯 데이터를 명확하게 표현하는 것도 중요하지만 사용될 데이터의 의미를 잘 파악하고 사용하여야 한다.

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