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R (프로그래밍 언어) Bioconductor DiffBind #
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Software

DiffBind #

ChIP-seq 실험 결과인 피크(peak calling) 데이터를 이용하여, 차등 결합 분석 (Differential binding analysis)를 수행하는 프로그램 (공식문서: DiffBind: Differential binding analysis of ChIP-Seq peak data 2015-05-20)

개요 #

특정 그룹간 통계적으로 유의한 차등 결합 영역을 분석한다. 예를들어, 전사인자 A가 결합하는 유전체 영역과 전사인자 B가 결합하는 유전체 영역의 유의한 차이를 분석한다.

분석 단계 #

분석은 크게 다섯가지 단계로 나뉘어진다.

  1. Reading in peaksets: MACS와 같은 peak caller 프로그램의 결과 (eg. .csv, .xlsx)
  2. Occupancy analysis: 반복실험 혹은 다른 실험의 결과를 병합한다.
  3. Counting reads: BAM 파일을 이용하여 결합 친화도 행렬 (binding affinity matrix)을 샘플별로 각각 생성한다. 본 결과에 따라 샘플들은 재 군집화된다.
  4. Differential binding affinity analysis: 통계적으로 유의한 차등 결합 영역을 추정한다. R (프로그래밍 언어)/Bioconductor/edgeR 모듈이 사용된다.
  5. Plotting and reporting: MA plot, correlation heatmap, PCA plots, Box plots

사례 분석 #

Dataset: ChIPs against the transcription factor ERa using 5 breast cancer cell lines (MCF-7 3 responsive to Tamoxifen, 2 resistant). There are at least 2 replicates. (Differential oestrogen receptor binding is associated with clinical outcome in breast cancer (Ross-Innes et al.) Nature, 2012-01-04)을 이용한 분석 사례가 공식 문서에 잘 소개되어 있다.

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