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R (프로그래밍 언어) APE #
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Structured data

Category
Software

Analyses of Phylogenetics and Evolution in R language #

계통분석의 여러가지 기능을 지원하는 R package로 다양한 분야에 사용이 되고 있으며 기본적으로 제공되는 데이터의 양식을 이용하여 여러가지 응용이 가능한 장점을 가지고 있다.

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Cladogram #

Genbank format을 import 하여 자동으로 처리하거나 Distance를 계산하는 여러 Function이 있다. 그 중에도 계통분석 데이터를 시각화 하는데 유용한 기능들이 많으며 Metagenome과 Phylogenetic analysis를 진행하는데 자주 사용 되는 Cladogram의 기능을 살펴 본다.

  1. plot.phylo plot.phylo을 통해 준비된 Phylogenetic tree 데이터를 시각화 할 수 있다. Plot의 Type은 "cladogram", "fan", "unrooted", "radial", "phylogram" 5가지가 있으며 원형의 경우 "fan" Type를 이용하여 그릴 수 있다.

Metagenome 분석의 예시 #

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