R (프로그래밍 언어) Bioconductor #

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최근 논문에 보면 R (프로그래밍 언어)을 이용한 분석의 예제가 많다. 특히 NGS와 같은 분석에서 normalization과 같이 간단한 명령어로 꽤 그럴싸한 결과물을 얻을 수 있고 이를 인용할 수 있기 때문이다.

간략히 먼저 설치 방법을 알아보고자 한다. 리눅스에서 분석을 많이 진행하기 때문에 리눅스 버전을 설치한다.

BioConductor를 사용하기 위해서는 R이 설치되어 있어야 한다.

R의 설치가 완료되면 우리가 본격적으로 사용하기 위한 bioconductor패키지를 설치 할 수 있다.

현재의 최신버전은 3.3.1(2016.6현재)이다. 홈페이지를 방문하면 http://bioconductor.org/에 들어가면 확인할 수 있다.

사용을 위한 설치 방법은 매우 간단하다. 윈도우 창에서 다음과 같이 간단히 명령어를 실행하면 된다.

설치를 위해서는 다음과 같이 명령어를 실행한다.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

"GenomicFeatures" 와 "AnnotationDbi"의 설치를 가정한다면 다음과 같이 실행한다.

biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

즉, biocLite() 함수를 통해서 간략히 원하는 팩키지를 설치하면 된다. 각 인자로 원하는 팩키지명 및 모듈명을 입력하면 된다.

이미 설치된 팩키지의 업데이트를 위해서는 다음과 같이 명령어를 실행한다.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")     ## R version 2.15 or later

또한 이미 설치된 팩키지를 변경 또는 재컴파일을 위해서는 다음과 같이 명령어를 실행한다.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
pkgs <- rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs, type="source")

위와 같이 간략히 현재의 버전을 재설치 할 수 있다.