RSEM
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RSEM은 리눅스 환경에서 동작하는 소프트웨어다. 따라서, 리눅스 사용자가 아니라면 아래의 설치법은 함께 할 수 없다.
Trinity software packages의 RSEM #
RSEM은 Trinity 소프트웨어 패키지에도 포함이 되어 있다. 기존에 Trinity를 설치한 사용자라면 소프트웨어 패키지 디렉토리 아래에 RSEM이 포함되어있는 것을 확인할 수 있다. 굳이 추가적으로 설치를 할 필요가 없다.
cd trinity-plugins/rsem/
RSEM 직접설치 #
RSEM은 아래의 홈페이지 주소를 통해 이동하면 하단의 'Latest version'을 클릭해 소스코드를 직접 다운받아 설치할 수 있다.
http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/
글쓰는 시점의 다운로드 커맨드는 다음과 같다.
wget http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/src/rsem-1.2.21.tar.gz
다운로드가 완료되면 압축을 해제하고 해당 디렉토리로 이동한다.
tar xf rsem-1.2.21.tar.gz
cd rsem-1.2.21
RSEM은 단 두개의 command line 으로 설치가 완료된다.
make
make ebseq
하지만 그전에 리눅스 상에 설치되어야 할 전제조건들이 있다. 프로그래밍 언어들 (C++, Perl, R)과 함께 사용할 소프트웨어(bowtie, bowtie2)가 필요하다. 프로그래밍 언어들은 리눅스상에 기본으로 설치가 되어있어 추가적으로 설치할 일은 없지만 설치가 되어있지 않다면 추가적으로 설치를 한 후 RSEM을 설치하면 된다.
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