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RSEM
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Introduction #
RSEM은 RNA-seq data로 부터 gene과 isoform의 expression level(abundance)을 estimating 하기 위한 소프트웨어 패키지이다. 사용자가 사용하기 편하고 parallel computation을 지원하므로 빠른 속도로 분석이 가능하다. single-end, paired-end reads data, quality score, variable-length reads 그리고 RSPD estimation 또한 지원한다. 추가적으로 Genomic-coordinate files는 UCSC genome browser와 Broad Institute's Integrative Genomics Viewer(IGV)를 사용해 visualization도 가능하다. RSEM의 유용한 활용성 중 메리트있는 하나는 reference genome이 없는 경우에 분석이 가능하다는 점이다.
The RSEM software workflow. #
Standard workflow는 단지 2개의 programs으로 구성되어있다.
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rsem-prepare-reference 이 단계는 bowtie나 bowtie2를 이용해 reads를 genes이나 transcripts에 alignment를 하기 위한 것으로 reference building을 한다.
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rsem-calculate-expression 직접적으로 transcripts abundance를 estimate하는 단계다. RSEM은 반복적인 계산으로 unlimited multi-mapped reads를 이용해 isoform을 밝히고 expected count를 계산한다. expected count는 RSEM에 의해 계산되는 "예측치"로 real value인 HTseq의 count와는 다른 의미를 갖는다.
필요에 의한 추가적 프로그램으로도 2가지가 있는데 rsem-bam2wig와 rsem-plot-model 이 그것이다. 이들은 RSEM output의 visualization을 위해 만들어졌다.
