ROD 분석 #

ROD 분석이란? #

Reduction of diversity(ROD)는 wild-type이 보유하고 있는 다양한 유전적 요인들이 인위적인 선택(육종)에 의해 genome의 특정 영역의 유전적 요인이 모두 동일하게 보존되는 특정 개체들에서 나타나는 형태이다. 예를 들어, 병 저항성이 좋은 벼를 육종하고자 여러 번의 교배를 진행하는 동안 병 저항성이 우수한 품종만을 인위적으로 선택하여 다시 교배하고 다시 선택하게 되면 최종적으로 병 저항성에 관련된 유전적 요인을 보존하고 있는 품종 만이 남게된다. 이들 품종간에는 wild-type에서는 볼수 없었던 ROD가 나타나고 이러한 영역은 genome상에서 병 저항성 관련 유전자와 매우 밀접한 상관 관계를 갖게 될 것이다.

목적 #

ROD 분석의 전제 조건은 wild-type 으로 부터 어떤 유전적 요인이 단순화 되어 현재의 특성을 타나내는 품종으로 되었는지를 분석하는데 목적이 있다. 즉, 표현형의 원인 유전자를 규명하고자 한다.

분석 방법 #

1. π value

   동일 품종 (population)내에서 랜덤하게 선택된 두 서열상에 각 유전체 위치마다의 차이나는 염기서열의 평균수로 보통 10kb ~ 100kb 간격으로 평균적으로 차이나는 염기서열 수를 계산한다. 단 위치는 서로 겹치지 않게 한다.

2. ROD

   ROD = 1- π cul/π wild

참고문헌 #

1. Xu X1, Liu X, Ge S, Jensen JD, Hu F, Li X, Dong Y, Gutenkunst RN, Fang L, Huang L, Li J, He W, Zhang G, Zheng X, Zhang F, Li Y, Yu C, Kristiansen K, Zhang X, Wang J, Wright M, McCouch S, Nielsen R, Wang J, Wang W. (2011) Resequencing 50 accessions of cultivated and wild rice yields markers for identifying agronomically important genes. Nat Biotechnol. 30, 105-111

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