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RNAMiner
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RNAMiner #
RNAMiner(http://calla.rnet.missouri.edu/rnaminer/)는 미주리대학에서 NGS를 이용한 RNA-seq 데이터 분석을 위하여 단계적으로 public한 생물정보 툴들을 엮어 파이프라인으로 사용할 수 있도록 개발하였다.
분석 진행 단계는 아래와 같이 간단하다.
- RNA-seq 데이터를 reference 서열에 맵핑
- 유전자 발현 값 산출
- 차등 발현 유전자 식별
- 유전자 기능 예측
- 유전자 조절 네트워크 확인
웹 사이트에 직접 연구자가 데이터를 업로드하여 분석을 진행할 수 있고, Human을 포함한 5종의 Reference 서열 데이터가 준비되어 있다.
평균적으로 2GB 데이터의 처리 및 분석을 위해 10시간 정도가 소요되고, 대부분 2시간 이내에 결과가 제공된다고 한다.
Suggested Pages #
- 0.025 MapSplice
- 0.025 cDNA
- 0.025 blast
- 0.025 Whole-Genome transcriptome map
- 0.025 Reference genome
- 0.025 microarray
- 0.025 TopHat
- 0.025 exon
- 0.025 cutfflinks
- 0.025 sanger sequencing
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