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RNA-seq #
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Analysis

RNA-seq란? #

RNA Sequencing기술은 sanger sequencingmicroarray 기반 방식으로 사용할 수 있는 것보다 훨씬 높은 해상도로 Genome을 분석할 수 있다. RNA-seq방법에서 관심있는 RNA를 직접 차세대 시퀀싱 기술을 사용하여 서열화함으로써 상보적인 cDNAs가 만들어진다. The reads는 Whole-Genome transcriptome map을 구성하기 위해 Reference genome이 align됨으로써 판독된다.

RNA-seq Applications #

  1. Alternatice Splicing Events
    DNA로부터 단백질이 만들어지는 과정에서 1차적으로 DNA가 복제되어 만들어진 pre-mRNA 내의 비발현부위(intron)가 제거되고 발현부위(exon)끼리 연결되는 과정. 결과적으로 하나의 유전자로부터 다양한 mRNA가 만들어질 수 있는 것이다.

  2. Identify known and Novel Transcipts 기존의 알려진 exon/gene에 mapping된 것이외의 mapping된 read들은 새로운 exon이나 gene일 수 있으며, mapping되지 않은 새로운 splice junction일 수도 있다. 일반적으로 reference에 기반한 transcriptome을 발굴한다. 실제로 blast, TopHat, GSNAP, SpliceMap, MapSplice등이 splice를 고려한 align을 제공하며, TopHat에 의해 mapping된 read는 cutfflinks를 통해 기존의 알려진 또는 새로운 transcripts들을 알아내게 된다.

  3. Quantification: Expression Profiling 발현량을 profiling하는 방법이다. NGS의 특성상 read를 통해 expression을 profiling해야 하고 이 때 여러가지 고려할 사항들이 있다. 우선 Normalization에 관한 부분으로 많은 read가 존재한다는 것은 transcript의 size가 길거나 높은 depth of coverage로 sequencing되어서 일 수 있다. 따라서 이러한 서로 다른 transcript의 length와 비교하고자 하는 각기 다른 condition으로 부터의 총 sequence를 normalization해야 정확한 expression을 profiling 할 수 있다.

Reference #

  1. 강영희 편, '선택적 이어맞추기'항목, 『생명과학대사전』, 도서출판 여초, 2014
  2. Nagalakshmi, U., Waern, K., & Snyder, M. (2010). RNA‐Seq: a method for comprehensive transcriptome analysis. Current protocols in molecular biology, 4-11.
  3. 바이오인포매틱스,RNA-Seq Application,<<단맛만좋아요>>,2015-07- 16,http://hongiiv.tistory.com/805

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