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REPET #
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Structured data

Category
Software

REPET #

  1. genomic region내 repeat의 detection, annotation 기능 수행
  2. de novo 방식의 transposon elements(TE) design

TEdenovo #

  1. BLASTER를 이용해 genome을 자체적으로 비교
  2. genome 서열에 퍼져있는 repeat서열들을 match시킴 (GROUPER, RECON, PIPER와 같은 clustering 프로그램이 이용)
  3. 각 cluster별 multiple alignment를 통해 consensus한 서열을 추출
  4. consensus 서열의 classification 및 redundancy제거로 library를 완성

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TEannot #

  1. TEdenovo에서 생산된 library로 genome 내 TE 서열을 찾아내는 프로그램으로 BLASTER, RepeatMasker, CENSOR등이 이용됨
  2. 최종산물은 GFF3 혹은 gameXML files로 산출됨.

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Reference #

  1. https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET
0.0.1_20140628_0