REPET
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최초 작성자
yhshin@insilicogen.com
- 최근 업데이트
Structured data
- Category
- Software
REPET #
- genomic region내 repeat의 detection, annotation 기능 수행
- de novo 방식의 transposon elements(TE) design
TEdenovo #
- BLASTER를 이용해 genome을 자체적으로 비교
- genome 서열에 퍼져있는 repeat서열들을 match시킴 (GROUPER, RECON, PIPER와 같은 clustering 프로그램이 이용)
- 각 cluster별 multiple alignment를 통해 consensus한 서열을 추출
- consensus 서열의 classification 및 redundancy제거로 library를 완성
TEannot #
- TEdenovo에서 생산된 library로 genome 내 TE 서열을 찾아내는 프로그램으로 BLASTER, RepeatMasker, CENSOR등이 이용됨
- 최종산물은 GFF3 혹은 gameXML files로 산출됨.
