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REAPR #
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Structured data

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Software

REAPR #

REAPR이란? #

  • REAPR은 de-novo assembly 결과를 평가하기 위한 program으로 paired-end read를 mapping한 결과를 이용한다. Illumina의 short read를 mapping한 결과를 사용하면 더 상세한 base score를 계산할 수 있고, 그 score를 기반으로 base error를 찾는 정확성을 높일 수 있다.
  • REAPR이 계산하는 base error는 특별한 유형을 가진 것은 아니고 각 base의 fragment coverage(FCD)를 분석하여 assembly 내 break point를 찾아낸다. 결국 FCD를 분석하여 assembly 내 insertion 또는 deletion 등을 찾아내는 것이다.

REAPR의 pipeline #

  • REAPR의 pipeline은 최소한 assembly에 paired-end read를 mapping한 결과인 bam 파일을 가져야 한다.
  • REAPR의 준비사항으로 assembly file은 fasta format이여야 하며, mapping한 결과인 bam 내 reference 이름과 assembly의 이름이 동일해야 한다.

REAPR의 사용방법 #

  • 일반적으로 assembly file이 REAPR를 계산하기에 적절한지 확인하는 방법이 있다. reapr task name opions - 여기서 task는 facheck, gapresize, preprocess 등이 있다. reapr facheck assembly.fa - 이 방법으로 적절한지 확인할 수 있다.

Reference #

0.0.1_20140628_0