Qualimap #

Qualimap은 독일의 Max Planck 연구소와 스페인의 CIPF에서 협력하여 제작한 alignment sequencing data에 대한 Quality Control 프로그램이다.

Qualimap의 구성 #

Qualimap은 JAVA와 R로 제작되었으며 서열 검증 프로그램으로 잘 알려진 FastQC와 마찬가지로 GUI 사용환경과 Command-line 사용환경을 모두 지원한다.

Qualimap의 주요기능 #

• mapping coverage와 nucleotide distribution의 reference genome을 통한 빠른 분석
• alignment data의 주요 특성에 대한 쉬운 요약
• annotation reference에서 define된 region의 내외에서 매핑된 reads에 대한 분석
• 유전적 특성과 함께 read alignment로부터 얻은 read count의 계산과 분석
• RNA-seq 실험에서의 sequence depth의 adequacy 분석
• alignment data와 counts data의 multi-sample 비교 지원
• epigenomic profiles의 클러스터링

Qualimap의 설치 및 실행 #

Qualimap은 JAVA와 R을 모두 사용하기 때문에, 사전에 JAVA와 R이 모두 설치되어 있어야 하며 R의 경우 추가 패키지를 다운로드해야 한다. 필요한 패키지는 다음과 같다.

• optparse (CRAN)
• NOISeq, Repitools, Rsmatools, GenomicFeatures, rtracklayer (Bioconductor)

Qualimap의 실행화면 #

관련 논문 #

• Qualimap 2: advanced multi-sample quality control for high-throughput sequencing data. (Bioinformatics(2015))
• Qualimap: evaluating next-generation sequencing alignment data. (Bioinformatics(2012))