Skip to content

Protein hydrophobicity #
Find similar titles

Structured data

Category
Biology

Protein hydrophobicity #

정의 #

  • 단백질 소수성, 다양한 단백질의 특성을 규명하는 요소
  • membrane 부분을 이루거나 결합하는 부분이 될 수 있고 loops를 이루거나 파묻힌 부분이 될 수 있다.
  • 보통 소수성 수치는 단백질 시퀀스에 따라 plot으로 나타내며 단백질의 위치를 규명할 때 쓰인다.

    Image
    [그림1] 아미노산 시퀀스에 따른 hydrophobicity plot. 시퀀스에서 hydrophobic 부위는 시퀀스 아래 나타난 그래프가 높은 숫자를 갖게 된다. 게다가 hydrophobic 부위는 시퀀스에 색깔별로 나타나는데 여기서 빨간색은 매우 높은 hydrophobicity를 나타내고, 푸른색은 낮은 hydrophobicity를 나타낸다.

Hydrophobicity scales #

몇몇 hydrophobicity scales은 다양한 방법으로 나타내고, 많은 경우 hydrophobicity scales은 아래와 같이 나타낸다.

  • Kyte-Doolittle scale : 단백질에서 hydrophobic 부위를 찾는데 쓰는 scale이다. 양수값을 갖는 부위는 hydrophobic 한 부위이다. 이 scale은 window size를 사용함으로써 표면이 오픈된 부위와 membrane은 통과하는 부위 모두 규명할 수 있다. 큰 window sizes (19-21)은 membrane을 통과하는 부위이고, 작은 window sizes(5-7)는 잠재적으로 표면에 노출된 부위일 가능성이 높다.

  • Engelman scale : GES-scale로 알려져 있다. 단백질의 소수성을 예측하는데 쓰이는 수치이다. Kyte-Doolittle scale처럼 단백질의 transmembrane 부위를 예측하는데 유용하게 쓰인다.

  • Eisenberg scale : 다른 hydrophobicity scale과 가장 공통적인 hydrophobicity scale 이다. 어느정도 보정된 값을 나타낸다.

  • Hopp-Woods scale : 잠재적으로 단백질의 결합 부위를 규명하는데 주로 쓴다. 기본적으로 hydrophilic (친수성) 지수이다. 비극성 잔기가 negative 값을 갖게 된다. 결합 부위는 주로 window size 7이다.

  • Cornette scale : 최상의 hydrophobicity scale이라고 할 수 있다. 알파-헬릭스 단백질 구조를 예측하는데 적합하다.

  • Rose scale : 구형 단백질의 파묻혀 있는 아미노산을 예측할때 쓴다. 결과적으로 헬릭스 구조를 나타내지는 않지만 표면 접근성을 나타낸다.


Image
[테이블1] Hydrophobicity scales, 7개 타입의 hydrophobicity scales을 나타낸 것이고 일반적으로 결합성과 transmembrane 부위를 예측하는데 쓰인다.

다른 유용한 데이터베이스 #

AAindex: Amino acid index database : http://www.genome.ad.jp/dbget/aaindex.html

References #

https://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-genomics-workbench/

0.0.1_20140628_0