Proportion statistics #
유전자 발현분석 분야에서는 RNA-seq, 혹은 microarray 방법으로 나온 결과를 비교하는 방법으로 진행된다. 2를 밑으로 하는 로그값을 이용하여 상대적인 발현값을 계산하는 방법이며, 데이터는 반드시 숫자로만 이루어져야 한다. 각 샘플의 전체 값이나 리드 갯수의 합에서 특정항목(유전자나 transcript)에 대한 수가 얼마나 많은 비중을 차지하는지를 이용한 방법이다.
하지만 하나의 항목이라도 NaN으로 값이 기록되어 있다면 모든 통계값이 NaN으로 처리된다. 따라서 통계처리 하기 전, NaN값은 모두 지우고 통계처리를 해야한다.
CLC Genomics Workbench 혹은 Biomedicla Genomics Workbench의 proportion-based statistics에서는 Kal et al., 1999, Baggerly et al., 2003의 방법 중 선택이 가능하다.
Suggested Pages #
- 0.025 MapSplice
- 0.025 cDNA
- 0.025 blast
- 0.025 Whole-Genome transcriptome map
- 0.025 Reference genome
- 0.025 TopHat
- 0.025 GSNAP
- 0.025 exon
- 0.025 cutfflinks
- 0.025 sanger sequencing
- More suggestions...
