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PharmGKB #
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Structured data

Category
Database

소개 #

PharmGKB는 2000년 4월 온라인을 통해 공개되며 첫 선을 보인 이래 꾸준한 발전을 통해 오늘날 DrugBank와 함께 세계적으로 가장 많이 사용되고 있는 drug관련 데이터베이스이다(사람의 유전적 variation이 약에 대한 반응에 미치는 영향에 대한 다양한 정보를 담고있는 데이터베이스). 많은 연구자료들에 대한 개별적인 검토(curation)를 거쳐 축적된 유전자-약-질병간의 관계 데이터부터 시작해서 약 자체에 대한 다각도의 정보, 그리고 약이 작용하는 pathway와 밀접하게 연관되어 있는 중요한 관련 유전자들 정보에 이르기까지 오늘날 약을 연구하는 사람이라면 필수적인 연구자료로 삼아야 할 내용들로 가득차 있다. PharmGKB는 NIH(National Institutes of Health)에서 추진하는 Pharmacogenetics Research Network(PGRN)프로그램의 지원을 받아 스탠포드 대학에서 개발된 이후 지속적으로 성장해왔으며 이제는 세계 최대 규모의 약 관련 데이터베이스로 자리를 잡게 되었다. 연구목적이라면 어떠한 단체나 조직에서든지 자유롭게 사용할 수 있지만 기본적으로 재배포는 금지되며 상업적인 용도로 사용하고자 할 경우 별도의 허가를 얻어야 한다.

PharmGKB에서 다운로드받을 수 있는 데이터 목록 #

  • Primary PharmGKB Data: 별도의 승인 과정없이, 원시자료를 zip파일로 다운 받을 수 있음.
    • Genes
    • RSID(Reference SNP ID number) mapping
    • Drugs
    • Diseases
    • Pathways in BioPAX format
    • Pathways in tsv format
    • Dosing Guidelines in JSON format
    • Drug Label summary in tsv format
  • Variant and Clinical Annotations Data: 자료 사용 신청을 하고, 승인후 다운 받을 수 있음.
  • Variant, Gene and Drug Relationship Data: 자료 사용 신청을 하고, 승인후 다운 받을 수 있음.
  • License Reports: 위 데이터 라이선스를 받은 사용자 목록을 제공함.
  • ISPC Data
  • ITPC Data
  • IWPC Data
  • Data from Data-driven prediction of drug effects and interactions

PharmGKB에서 설명하는 용어소개 #

Pharmacogene : 약에 반응하는 연관 유전자
Pharmacogenetics : 약에 반응하는 소수의 유전자에 관련된 유전적 영향에 대한 연구
Pharmacogenomics :  유전적 variation이 약 반응에 미치는 영향에 대한 연구

PharmGKB의 지식 피라미드 #

PharmGKB에서 얻을 수 있는 데이터들을 지식의 레벨로 구분하여 구성해놓은 피라미드로, 그만큼 다양한 계층의 방대한 데이터를 보유하고 있음을 보여주는 부분이다.

             ________________________
            /                        \
           / Clinical implementation  \  
          /  Clinical interpretation   \
         /    Knowledge annotation,     \
        /   aggregation, integration     \
       /      Knowledge extraction        \
      / Primary pharmacogenomics literature\
     /                                      \
     ----------------------------------------

페이지 소개 #

  • 홈페이지 메인화면

    • 정보: Drugs 640, Pathways 130,, Dosing Guidelines 100, Drug Labels 498
    • Help > Page tour 를 클릭하면 전체적인 구성 및 관련 사용법에 대한 간단한 설명을 볼 수 있음.

      • Drugs
        • 약물에 대한 이름과 PubChem에서 가져온 분자구조 및 3D 구조를 보여줌. 각 약물에 대한 dosing guidelines, annotations 등이 적힌 Prescribing info, drug labels, clinical annotations, pathways, variant annotations, literature, drug-gene-disease간의 관련성을 보여주는 related to, 약물 정보의 소스를 보여주는 links&downlodas로 구성됨.
        • Annotations:
          • Clinical: dosing guidelines 100, Drug labels 498, clinical annotations 3,704
          • Research: pathways 130, VIPs 64, variant annotations 19,872
        • Resources:
          • Cancer pharmacogenetics, Gene-specific information tables, pharmacogenetics implementation
      • pathways
        • Pharmacokinetics, pharmacodynatics를 그림으로 도식화한 것으로 미국 FDA의 biomarker list, CPIC 지정 등 다양한 출처에서 가져온 내용으로 구성됨.
        • anti-infective agents, anticancer agents 등으로 구성된 10개 categories로 나눠져 있음.
      • dosing guidelines
        • CPIC, DPWG, DPNDS와 다양한 전문 협회에서 출판된 PGx-based drug guidelines가 각 약물에 연결되어 있음.
      • Drug Labels
        • 미국 FDA, 유럽 EMA, 일본 PMDA, 캐나다 HCSC에 의해 제공된 pharmacogenetic 정보가 약물에 연결되어 있음.
  • 화면구성

    • Publications
      • PharmGKB staff and other researchers가 작성 또는 기고한 peer-reviewed scientific articles가 담겨있음.
      • Categories: Pathways 44, Dosing Guidelines 29, VIPs 34, others 177
      • VIPs(PharmGKB pathways and important pharmacogene summaries): journal Pharmacogenetics and Genomies에 매달 발행됨.
    • News
      • PharmacoGKB 에서 운영하는 blog로 매달 작성되고 있음.
      • 반응형 DB 런칭 소식, CPIC 가이드라인 내용 및 업데이트, clinical annotation을 이해하는 방법 등 약물유전학에 관련된 내용으로 이뤄짐
    • Downloads
      • PharmGKB에서는 annotations data, primary data와 published data를 다운로드가 가능한 다양한 형식으로 제공하고 있음.

Reference #

  1. PharmGKB homepage : https://www.pharmgkb.org/
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