Skip to content

Pathview #
Find similar titles

Structured data

Category
Software

Pathview #

RNA-seq(발현분석) 후 관심 있는 유전자 발현에 따른 증가/감소한 유전자들이 어떤 Pathway에 속하는지 알아보고자 할 경우 Pathway 시각화를 통하여 쉽게 접근할 수 있다. pathway 시각화를 지원하는 무료 프로그램은 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 내 KEGG Mapper , Blast2GO , Cytoscape 등이 알려져 있다. 이 중 Bioconductor 패키지로 제공하는 R 소스 기반의 무료 프로그램이다.

Pathview 메인페이지

그림1. Pathview 메인페이지

Pathview 요구사항 #

정상적으로 구동하기 위해서는 몇 가지 라이브러리들이 필요하며, annotate, R2HTML,KEGG.db, 그리고 pathview가 필요하다.

Pathview 실행 #

실행 시에는 R 상에서 커맨드라인을 입력한다. 그림2는 Pathview에서 제공하는 기본 데이터를 가지고 테스트를 한 파일로 그림과 같은 스크립트를 입력하며, 그림3은 실제 데이터를 가지고 진행한 파일로 엑셀이나 에디터 프로그램으로 그림4와 같이 데이터를 만들어서 진행한다.

Pathview 실행(기본편)

그림2. Pathview 실행(기본편)

Pathview 실행(응용편)

그림3. Pathview 실행(응용편)

Pathview 입력 데이터(예)

그림4. Pathview 입력 데이터(예)

Pathview 제한 #

Pathview는 19개의 모델 종에 대해서 지원 가능하며, 그림5 이외의 종인 경우에는 상동성 관계의 근연종을 가지고 진행할 수 있다.

Pathview 지원 모델종 및 ID 형식

그림5. Pathview 지원 모델종 및 ID 형식

출처 #

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/pathview.html

Incoming Links #

Related Bioinformaticses #

Suggested Pages #

0.0.1_20140628_0