Partek
Express
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Structured data
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Partek Express #
Data set에서 차등발현을 보이는 유전자를 규명하고 clustering을 할 수 있으며, Quality Control 등을 실행하여 통계적으로 유의성 있는 유전자들을 찾을 수 있도록 개발된 도구
System Recommendations #
* Operating System: Windows® XP SP3, Vista, or Windows 7; Linux; Mac
* Operating System Language: English*
* CPU: 2 GHz or higher
* Memory (RAM): 1 GB or higher
* Free disk space: 20 GB or higher
* Monitor: 800x600 resolution or higher
* Mouse: 2 button with scroll wheel
* Internet connection for the purpose of downloading library and annotation files
Data Format #
.CEL Files
.CHP Files
Agilent Files : Affymetrix
Illumina’s
NimbleGen files
분석 순서 #
1) New Stdudy 생성
2) Study할 샘플 선택
3) 샘플 정보 수정
4) Affymetrix CEL 파일을 import하고 QC를 실행
5) PCA를 이용한 샘플 수준 그룹핑을 시각화함
6) ANOVA를 이용한 차등발현한 유전자들을 규명
7) 이상적인 실험 사이즈를 결정하기 위해 Power analysis를 실행
8) Pathway Analysis 실행
Case Study: 다운증후군 #
- 다운증후군 환자와 정상인 샘플을 각각 조직에 따라 발현 분석을 실행
- Astrocyte(별아교세포), Cerebellum(소뇌), Cerebrum(대뇌), Heart(심장)조직별로 관찰
