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Partek #
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Structured data

Category
Software

Partek #

  • 1993년에 설립된 회사
  • Statistics & Visualization 도구
  • genomics 데이터에 특화되어 있음
  • 1,000명 이상의 고객 보유
  • 글로벌한 고객 지원

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<그림1. Publications per year>

Software 종류 #

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<그림2. Partek Software 종류>

Partek Flow #

NGS 데이터 분석에 유연성을 갖춘 솔루션 RNA와 smallRNA, DNA sequencing을 포함하는 Next-generation sequencing 분석에 특화되어 있다. 쉽고 편한 그래픽 인터페이스를 갖추고 있으며, 분석 파이프라인을 custom하게 조절할 수 있다. 또한, 다른 연구자들에 의해 구축된 파이프라인을 다운로드 받는 것도 가능하다.

* Alignment

* Quantification

* Quality control

* Statistics

* Visualization

Partek Genomics Suite #

genomic 데이터 분석과 시각화 도구로 사용된다. 2013년 안에만, 800개 이상의 논문에 인용되었다. 빠르고, 효율적이고, 메모리 사용량도 효율적, 데스크톱에서 큰 데이터라 할지라도 분석을 할 수 있는 사용자 편의 인터페이스, 통합적인 워크플로우, 모든 NGS데이터와 microarray, qPCR 데이터를 커버할 수 있으며, 과학자와 생물정보학자, 통계학자들에게 신뢰할 수 있는 결과를 제공하는 통합적 솔루션을 제공한다.

Microarray

Gene expression
miRNA expression
Exon expression
Copy number
Allele specific copy number
Loss of Heterozygosity (LOH)
Association
Trio
ChIP-chip

Next-generation sequencing

RNA-Seq
miRNA-Seq
ChIP-Seq
DNA-Seq
Methylation

Partek/Pathway #

Partek Genomics Suite에 포함되어 있으며, KEGG 데이터베이스와 상호적이고, 정확한 통계 결과를 내준다.

* pathway enrichment 계산

* 방해받는 패스웨이와 활성화되는 패스웨이 탐색

* 특이적인 패스웨이와 유전자를 탐색

* p-values와 fold changes에 기반을 두어 유전자 Color code

Partek/Express #

차등발현하는 유전자들을 규명하고 그룹핑, Quality control을 실행한다.

Incoming Links #

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