align된 sequence 세트들을 pairwise로 비교하는 것을 말하며, 이로 인해 sequence alignment의 다양성을 볼 수 있다.

CLC Genomics Workbench에서 비교표를 만드는 방법 #

1. Tool
Toolbox > Classical Sequence Analysis > Alignment and Trees > Create Pairwise Comparison
Navigation Area에서 alignment를 선택한다. 만약 Toolbox를 이용하기 전에 alignment가 선택되어져 있다면, Selected Elements 에 리스트업 되어있을 것이다.
* 만약 이 tool을 선택하기 전에 선택한 alignment에서 우클릭 후 Pairwise Comparison을 클릭하면 바로 다음 스텝(2)로 갈 수 있다.

Figure 1. Creating a pairwise comparison table.

2. 5종류의 parameter를 가지고 alignment내 sequence간의 비교
-Gaps : 한 sequence에는 gap이 있고, 다른 sequence에는 gap이 없는 alignment position을 계산한다.
-Differences : sequence가 다른 alignment position 수를 계산한다. gap comparison의 gap 차이를 포함한다.
-Distance : 두 sequence 간에 Jukes-Cantor 거리를 계산한다. 두 개의 sequence에서 동일하거나 겹치는 alignment position의 비율을 Jukes-Cantor correction을 통해 값을 계산한다.
-Percent identity : 두 sequence에서 동일한 residue나 겹치는 alignment position 비율을 계산한다.
-Identities : 두 sequence 사이에서 겹치는 alignment position을 계산한다. 겹치는 부분이 gap만 있을 때가 아니라 최소 한 residue를 포함해야 한다.

Figure 2. Adjusting parameters for pairwise comparison.

3. Pairwise comparison table
표는 선택된 비교의 결과를 보여준다. 비교표는 대칭적으로,하나는 오른쪽 위에 하나는 왼쪽밑에 삼각형 모양으로 동시에 두 비교 결과를 보여준다. 비교표의 오른쪽 side panel에서 gradient를 따라 커서를 움직이면 최소값과 최대값의 색을 바꿀 수 있다. contents뿐 아니라 layout과 글자 크기, 폰트나 굵기도 바꿀 수 있다.

Figure 3. A pairwise comparison table.

Reference #

CLC Genomics Workbench User Manual