Paired-End 개요 #

Paired-end reads란 서로의 대략적인 거리를 알고 있는 한 쌍의 reads를 의미하고, DNA 또는 RNA를 양쪽 끝에서 sequencing (sequencing machine이 양쪽 끝에서부터 읽어 나가게 되고, 두 reads는 5/ 3 으로 읽힌다.)하는 방법을 말한다. paired-end sequencing은 genome 재배열 및 반복적인 서열, 유전자 융합, 새로운 전사체의 발견에 용이하다. 또한 single-end sequencing으로는 불가능한 insertion / deletion (INDEL) 변이도 검출할 수 있다.

Paired-End Sequencing Highlights #

• Simple Paired-End libraries : 간단한 workflow를 통해 고유한 범위의 insert 크기 생성 가능하다.

• Efficient Sample Use : single read gDNA 또는 cDNA sequening에 필요한 DNA 양만큼만 있어도 가능하다.

• Broad Range of Applications : DNA 메틸화 또는 제한 효소가 필요하지 않다.

• Simple Data Analysis : short insert library를 사용하여 고품질의 sequence assembly가 가능하다. 또한 standard single-read library 준비 과정을 조금만 수정해도 forward / reverse reads를 쉽게 읽을 수 있다.

Reference #

• https://thesequencingcenter.com/knowledge-base/what-are-paired-end-reads/
• https://sapac.illumina.com/science/technology/next-generation-sequencing/plan-experiments/paired-end-vs-single-read.html